Eukaryotes prediction

Предсказание генов эукариот

1. Описание контига и гена с альтернативным сплайсингом

Таксономия:

Eukaryota
Rhodophyta
Florideophyceae
Gigartinales
Gigartinaceae
Chondrus
Chondrus crispus (Ирландский мох)

Рис.1 Ирландский мох ( источник)

Выданный контиг пренадлежит этому организму. Данные о контиге можно найти в таблице 1. В моем контиге не было изоформ, поэтому я взял резеврный организм, у которого я взял изоформу, изображенную на рис.2.

Таблица 1. Данные о контиге
Идентификатор	NW_005179077
Размер, пн	187631
Количество генов	40
Количество CDS	52

Рис.2 Альтернативный сплайсинг у резервного организма

2. Предсказание генов и белок-кодирующих участков в контиге

С помощью web-сервиса Augustus провел предсказание генов в своем контиге. Параметры запуска указаны в таблице 2.

Таблица 2. Параметры запуска Augustus
Организм для параметров модели	Galdieria sulphuraria
	Будем искать нетранслируемые регионы в генах, чтобы лучше находить их границы. Поиск ведем по обоим цепям, потому что аннотированы гены в обоих цепях. В нашем контиге нет аннотированных случаев альтернативного сплайсинга, поэтому не будем включать это опцию. Позволим находить любое количество генов и их кусков.

В итоге получил предсказание. Папка с предсказаниями содержит 7 файлов с разными функциями. Подробнее в таблице 3.

Таблица 3. Типы файлов в предсказании Augustus
Расширение	Описание
.aa	Содержит аминокислотные последовательности всех предсказанных генов
.cdsexons	Содержит нуклеотидные последовательности всех предсказанных экзонов
.codingseq	Содержит нуклеотидные последовательности всех предсказанных генов
.gbrowse	Содержит координаты всех предсказанных треков
.gff	Содержит все предсказанные треки, с нуклеотидными и аминокислотными последовательностями предсказанных генов
.gtf	Предсказание в gtf-формате
.mrna	Содержит нуклеотидные последовательности мРНК с учетом некодирующих регионов

По предсказанию в контиге находится 58 генов и 98 CDS, в полтора раза больше, чем аннотировано. При этом совпадений генов не обнаружено. Но по CDS ситуация улучшилась: 9 совпадают по обоим концам, 3 совпадают по N-концу, 8 - по С-, 32 CDS из GenBank не имеют общих концов с предсказанными.

Не могу сравнить предсказание для гена из задания 1, так как брал из другого организма.