Задание 1.Для построения различных форм ДНК использовал функцию fiber пакета 3DNA. Полученные pdb-файлы A-, B- и Z- форм двуцепочечной ДНК использовал в дальнейшем для изучения данных форм.

Задание 2. Первое, что предстояло сделать, найти, в сторону какой бороздки обращены атомы заданного нам основания, в моем случае - тимина. На рисунках красным обозначены атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, синим - в сторону малой.
В сторону большой бороздки смотрят атомы: t32:b.n3, t32:b.c4, t32:b.o4, t32:b.c5, t32:b.c6, t32:b.c7.
В сторону малой бороздки смотрят атомы: t32:b.c2, t32:b.o2.
Остальный атомы основания: t32:b.n1.
В А-форме ДНК мы видим похожую картину, но в сторону большой бороздки у нас смотрят атомы, смотревшие в В-форме в сторону малой, и наоборот. В Z-форме тимин не может быть построен.

Таблица 1. Характеристики различных форм ДНК
	A-форма	В-форма	Z-форма
Тип спирали(правая или левая)	правая	правая	левая
Шаг спирали(А)	28	33.75	43.5
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки, А	17(Т36:В)	20.58(G6:А)	35(G13:A)
Ширина малой бороздки, А	8(Т8:А)	13,2(Т40:В)	14.37(С42:В)

С помощью методов JMol измерил торсионные углы, данные занес в таблицу.

Таблица 2. Сравнение торсионных углов различных форм ДНК
Форма	α	β	γ	δ	ε	ζ	χ
А-форма	-51.7	174.8	41.7	79.1	-147.8	-75.1	-158.2
В-форма	-29.9	136.3	31.2	143.3	-140.8	-160.5	-98

Задание 3. Использую программы find_pair и analyze пакета 3DNA, получили значения всех торсионных углов всех нуклеотидов всех трех форм ДНК. Торсионные углы любых нуклеотидов А- и В- форм ДНК не отличаются больше, чем на 0.1 градус. Однако, в Z-форме отличие торсионных углов цитозина и гуанина очень велико. В тРНК мы видим большое отличие торсионных углов нуклеотидов, что напоминает нам Z-форму.

Наибольшее отклонение от средних значений торсионных углов показывает G8 второй цепи. Сумма абсолютных значений отклонений составляет почти 893 градуса. Полные вычисления можно посмотреть на Excel-листе

Таблица 3. Торсионные углы тРНК
	α	β	γ	δ	ε	ζ	χ
Среднее значение	-21.9	24.6	32.8	84	-120	-66.9	-139.8
Наиболее деформированный	166.7	170.4	211.1	0.9	14.3	11.8	317.7

Нашел в файле 1o0b_old.out данные по образованию водородных связей. Длинные участки последовательного соединения оснований водородными связями и будут стеблями.

Таблица 4. Стебли тРНК
Стебель	Strand I	Strand II
Акцепторный	2->7	71->66
1	49->53	65->61
2	37->44	33->26
3	10->12	25->23

В моей тРНК есть 4 неканонических пары: U - G, C - A, U - U, A - A. Что интересно 3 из них находятся в стеблях, что говорит об их большой роли в образовании третичной структуры.

6 пар не входят в стебли. Зачастую, соседние из этих нуклеотидов свзяаны с совершенно разными частями другой цепи. Очевидно, что их влияние на сближение стеблей друг к другу и вообще на третичную структуру огромно.

Наибольшее перекрываение в 11,52 A^2 образуют пары G910 - C925, C911 - G924. Картинка этого перекрывания представлена ниже.