Следующий этап - построение и анализ дерева, содержащего паралоги. Для нахождения ортологов заданного белка были скачаны протеомы наших бактерий из соответствующей директории, собраны в 1 файл, этот файл преобразован в базу данных для локального бласта. Ну и последний шаг - запущен бласт с необходимыми параметрами. Его результаты в файле. Всего было получено 33 гомолога. Отобранные последовательности записаны в файл. Три последовательности плохо выравнивались с остальными и были удалены из выравнивания. Полученное дерево изображено ниже. Некоторые примеры видообразования отражены красными ветвями, паралогов - синими, группы, предположительно возникшие в результате дупликации, выделены скобками.