Классификация функций. Ферменты.

Значение кода:

Все материалы взяты с сайта IUPAC.

Мне дан следуюший код фермента: EC 5.3.1.1.

EC 5. Isomerases (Изомеразы)
Эти ферменты катализируют изменения внутри одной молекулы.
EC 5.3 Intramolecular Oxidoreductases (Внутримолекулярные окислители-восстановители)
Эти ферменты вызывают окисление одной части молекулы с соответствующим восстановлением другой части.
EC 5.3.1 Interconverting Aldoses and Ketoses (Взаимное превращение альдоз и кетоз)
Сахарные изомеразы.
EC 5.3.1.1 triose-phosphate isomerase (Триозофосфат изомераза)
D-glyceraldehyde 3-phosphate = glycerone phosphate

Дополнительная информация о IUPAC

IUPAC был создан в 1919 году.
Международная комиссия по номенклатуре ферментов была создана в 1956 году.
Последние изменения/уточнения в номенклатуре ферментов были утверждены в 2006 году.

Характеристика фермента с помощью специализированного ресурса Brenda:

Всего ферментов с таким кодом — 440.

Активаторов не найдено.

Оптимум pH лежит от 6.5 для Oryctolagus cuniculus (Дикий кролик) до 7.2 для Secale cereale (Рожь).

Ингибиторов у таких ферментов порядка сотни (93). Для Escherichia coli это 2-Phosphoglycolate.
Есть также и другие ингибиторы кишечной палочки, но для них показано отсутствие влияния на реакцию:
cyclo(Gly-Pro-Phe-Val-Phe-PSI[CS-NH]Phe)
cyclo[Trp-Phe-D-Pro-Phe-Phe-Lys(benzyloxycarbonyl)-]
S-Phenyl-p-toluenethiosulfonate

Дополнительная информация:

1. Болезни человека, так или иначе связанные с данным ферментом.
   Недостаточность Триозофосфат изомеразы (TPI) — серьезная мультисистемная болезнь с аутосомным рецессивным наследованием. Главным образом характеризуется хронической гемолитической анемией (надпечёночной желтухой) на ранних стадиях, начиная с 6-30 месяцев болезни недостаточность распространяется на нервную систему (дегенеративного характера неврологические расстройства, отставание в развитии).
   Есть также и другие клинические признаки, в частности, паралич диафрагмы, характеризуется кардиомиопатией и увеличенной восприимчивости к инфекциям.
   Наблюдается также спленомегалия, холелитиаз.
   Лабораторно: in vitro аутогемолиз, не корректируемый добавлением глюкозы.

2. Cубъединичная структура, характерная для данного типа ферментов.
   Чаще всего встречается в виде димера, но есть также случае тетрамерной организации, а также 1 случай мономера.

3. Пострансляционных модификаций, характерных для данного типа ферментов не обнаружено.

Строка запроса в SWISS-Prot SRS:

Query "([swissprot-ECNumber:5.3.1.1*]
 & (([swissprot-EntryName:*_Ecoli*]
 | [swissprot-EntryName:*_Human*])
 | [swissprot-EntryName:*_Metja*])) "

Cравнивались только домены Pfam.

Белок	Число доменов Pfam	Accession	Идентификатор Pfam	Положение в последовательности
TPIS_ECOLI	1	P0A858	PF00121	4-246
TPIS_HUMAN	1	P60174	PF00121	6-244
TPIS_METJA	1	Q58923	PF00121	1-212

С помощью программы seqret были получены аминокислотные последовательности доменов: seqret sw:P0A858 -sask seqret sw:P60174 -sask seqret sw:Q58923 -sask

Попарные выравнивания были сделаны программой needle с помощью следующего скрипта: needle tpis_ecoli.fasta tpis_human.fasta ecoli_human.needle -gapopen 10.0 -gapextend 0.5 needle tpis_human.fasta tpis_metja.fasta human_metja.needle -gapopen 10.0 -gapextend 0.5 needle tpis_metja.fasta tpis_ecoli.fasta metja_ecoli.needle -gapopen 10.0 -gapextend 0.5

Пара организмов	Identity	Выравнивание
Ecoli-Human	45.3%	Посмотреть выравнивание
Human-Metja	20.3%	Посмотреть выравнивание
Metja-Ecoli	22.5%	Посмотреть выравнивание

Комментарии: результаты выравнивания дают cтранный результат. Наиболее высокая идентичность у выравнивания белков человека и кишечной палочки. Идентичность в 45,3% (считается, что функция сохраняется одинаковой у ферментов с Identity~40%).
В то же время идентичность белков кишечной палочки и археи, человека и археи соответственно равна 22,5 и 20,3%. Нельзя также забывать, что на полученные значения немалый отпечаток накладывает степень "эволюционной дальности" организмов.

Что можно найти в ENZYME?

Набрав в запрос некоторый класс фермента получается выдача:

• Полное название фермента, принадлежащего к данному классу, по IUPAC.
• Альтернативные названия ферментов данного класса.
• Реакция, катализируемая этими ферментами.
• Соответствующий кофактор.
• Дополнительные комментарии.
• Заболевания связанные с этими ферментами.
• Всевозможные ссылки, связанные с этими белками в других базах данных.

В начало