Филогенетическое дерево
Отобранные бактерии
| Таблица 1. Отобранные бактерии | |
|---|---|
| Название | Мнемоника |
| Bacillus anthracis | BACAN |
| Clostridium tetani | CLOTE |
| Clostridium botulinum | CLOBA |
| Geobacillus kaustophilus | GEOKA |
| Lactococcus lactis subsp. cremoris | LACLM |
| Staphylococcus aureus | STAAR |
| Streptococcus pyogenes serotype M1 | STRP1 |
| Streptococcus pneumoniae serotype 4 | STRPN |
Скобочная формула дерева
((CLOTE, CLOBA), (((STRP1, STRPN), LACLM), (STAAR, (BACAN, GEOKA))));
{Ссылка на файл .tre}
Изображение дерева
Ветви дерева
Дерево содержит 5 нетривиальных ветвей:
1) {CLOTE, CLOBA} vs {LACLM, STRP1, STRPN, BACAN, GEOKA, STAAR}
2) {LACLM, STRP1, STRPN} vs {CLOTE, CLOBA, BACAN, GEOKA, STAAR}
3) {BACAN, GEOKA, STAAR} vs {CLOTE, CLOBA, LACLM, STRP1, STRPN}
4) {STRP1, STRPN} vs {LACLM, CLOBA, CLOTE, BACAN, GEOKA, STAAR}
5) {BACAN, GEOKA} vs {STAAR, LACLM, STRP1, STRPN, CLOTE, CLOBA}
Связь таксонов и нетривиальных ветвей дерева
| Таблица 2. Таксономия выбранных бактерий | ||
|---|---|---|
| Название | Мнемоника | Таксономия |
| Bacillus anthracis | BACAN | Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus |
| Clostridium tetani | CLOTE | Terrabacteria group; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium |
| Clostridium botulinum | CLOBA | Terrabacteria group; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium |
| Geobacillus kaustophilus | GEOKA | Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Geobacillus |
| Lactococcus lactis subsp. cremoris | LACLM | Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Lactococcus |
| Staphylococcus aureus | STAAR | Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Staphylococcaceae; Staphylococcus |
| Streptococcus pyogenes serotype M1 | STRP1 | Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Streptococcus |
| Streptococcus pneumoniae serotype 4 | STRPN | Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Streptococcus |
Сопоставив данные из таблицы 2 и данные о нетривиальных ветвях, наложим на уже имеющееся изображение дерева таксономические группы, в которые входят выбранные бактерии:
Задания 2-6
Был выбран фермент енолаза, принимающий участие в предпоследнем этапе гликолиза.
В итоге были получены следующие файлы:
{Ссылка на Jalview-проект}
{Ссылка на выравнивание в формате fasta}
{Ссылка на дерево в формате newick}
Задание 7
Задание 8
⌘
© Emir Radkevich, 2016