Hа Главную
Третий Семестр
Kodomo Home
A-, В-, Z- формы ДНК. Структура РНК
- Построение структур A-, B- и Z-форм ДНК с помощью инструментов пакета 3DNA
При использовании программы fiber пакета 3DNA были получены 3D модели различных форм ДНК
A- форма: gatc-a.pdb
B- форма: gatc-a.pdb
Z- форма: gatc-a.pdb
- Средства RasMol для работы со структурами нуклеиновых кислот
- Скрипт для получения заданных хим группировок можно скачать тут
В скрипте отсутствует автозагрузка файла (load)
- Были скачаны необходимые PDB структуры
В структурах разрывов обнаружено не было
- Сравнение структур 3-х форм ДНК с помощью средств RasMol
- Поиск больших и малых бороздок
Расположение тимина относительно большой и малой бороздки можно посмотреть в файле timin.sk2
- Сравнение основных спиральных параметров разных форм ДНК
| Форма спирали | A-форма | B-форма | *Z-форма |
| Тип спирали |
Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали (Å) |
28.03 | 33.75 | 43.51 |
| Число оснований на виток |
11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки |
16.81 (Аденин фосфат) | 17.21 (Цитозин фосфат) | 12 (Цитозин фосфат) |
| Ширина малой бороздки |
7.98 (Аденин фосфат) | 11.69 (Цитозин фосфат) | 9.86 (Цитозин фосфат) |
- Торсионные углы для тимина
| Торсионыые углы |
alpha |
beta |
gamma |
delta |
epsilon |
zeta |
chi |
| A- форма (исх) |
-62 |
173 |
52 |
3/88 |
178 |
-50 |
-160 |
| A- форма |
-51.72 |
174.79 |
41.72 |
79.88 |
-147.78 |
-75.12 |
-157.2 |
| B- форма (исх) |
-63 |
171 |
54 |
123/131 |
155 |
-90 |
-117 |
| B- форма |
-29.84 |
136.41 |
31.10 |
143.42 |
-140.75 |
-160.50 |
-97.94 |
Хуже всего с табличными данными сходится ипсилон, наиболее точно бета. Заметно так же, что значения А формы сходятся лучше, чем В-формы
- Определение параметров структур нуклеиновых кислот с помощью программ пакета 3DNA
- Сравнение торсионных углов для ДНК приведено в таблице tors.xls
Самый деформированный нуклеотид отмечен желтым цветом
- Структура водородных связей тРНК
- Акцепторный стебель
5' 1-7 3'
5' 66-72 3'
- D-стебель
5' 10-13 3'
5' 22-25 3'
- T-стебель
5' 49-53 3'
5' 61-65 3'
- Антикодоновый стебель
5' 38-44 3'
5' 26-32 3'
- Неканонические пары нуклеотидов тРНК
Неканонические пары отмечены * в txt файле
Из 29 водородных связей 1 дополнительная, стабилизирущая, очтальные являются либо не каноническими, либо являются частью стебля
- Возможные стекинг-взаимодействия
В файле overlap содержится информация о всех стекинг взаимодействиях
Файл step13 открывается редактором Ghost и содержит изображение пары с наибольшим значениям перекрытия
© Кузнецов Виктор Петрович