- Для того, что бы получить msf файл без Windows символов переноса строки, использовалась команда noreturn:
- Был произведен рассчет веса строк выравнивания программой pfw
pfw pft_new.msf - Создание профиля при помощи программы pfmake: pfmake pwf.msf blosum62.cmp
- Создание файла с последовательностями по которым будет производиться поиск.
seqret sw-org:bacteria bac.fasta - Для получения необходимого файла для анализа: pfsearch -C2.0 -f pfmake.txt bac.fasta > pf.pfsearch
Был выбран порог 2, процесс постоения ROC-кривой отражен в таблице.
Всего находок с порогом 2 - 11324.
Счет больше 10 имеют 266 последовательностей.
Больше 50 - 640.
Больше 3 - 1033.
Общие данные профиля:
Верных находок профиля - 631, ложных - 398.
Число ненайденных белков подсемейства - 0.
Чувствительность профиля TP/(TP+FN) - 1.
Селективность TP/(TP+FP) - 0,612.
И селективность и чувствительность данного профиля выше, чем прошлого (частотная матрица).