Поиск мотивов среди гомологов белка URHG2_BACSU
С помощью программы ememe был проведен поиск мотивов среди гомологов белка URHG2_BACSU. На вход программе подавался файл с невыровненными последовательностями гомологов, отобранных в практикуме №8, в формате fasta: sequences.fasta.
Таким образом, было получено три мотива. Подробная информация о них представлена в табл.1.
Табл.1. Описание мотивов гомологов белка URHG2_BACSU.
| Номер мотива | Число последовательностей в нем | Длина мотива | E-value | LOGO |
| 1 | 40 из 41 | 29 | 6.25*10-425 | 
|
| 2 | 41 | 21 | 5.1*10-314 | 
|
| 3 | 15 из 41 | 50 | 1.4*10-346 | 
|
Для каждого мотива были созданы файлы с блоками выравнивания в формате fasta. Далее с помощью Jalview полное выравнивание гомологов было сопоставлено с блоками. Результаты сравнения представлены в следующем файле: motifs.jar.
- Сопоставление первого мотива и глобальным выравниванием (рис.1).
Рис.1. Сопоставление глобального выранивания, представленного слева, и блоков выравнивания мотива №1, представленного справа. Для обоих выравниваний была применена цветовая схема CLustalX, основанная на свойствах аминокислот, c cut-off=15%. Оба выравнивания имеют различный порядок последовательностей.
В отличие от глобального выравнивания, у мотива на одну последовательность меньше, а именно в нем отсутствует белок XP_003008055. В целом оба участка достаточно консервативны.
- Сопоставление второго мотива и глобальным выравниванием (рис.2).
Рис.2. Сопоставление глобального выранивания, представленного слева, и блоков выравнивания мотива №1, представленного справа. Для обоих выравниваний была применена цветовая схема CLustalX, основанная на свойствах аминокислот, c cut-off=15%. Оба выравнивания имеют различный порядок последовательностей.
Блоки глобального выравнивания и MEME совпадают.
- Сопоставление третьего мотива и глобального выравнивания.
Блоки отличаются количеством последовательностей, в остальном они схожи.
С помощью программы emast был проведен поиск мотивов MEME в последовательностях, содержащих единственный домен моего белка Glyco_hydro_88. Выход программы представлен в html-файле:mastout.html.
Описание результатов:
- Всего в PF07470_seed.fasta содержится 19 последовательностей. Первый мотив встречается в 16 последовательностях, в одной из них даже два раза. Второй мотив встречается во всех последовательностях, в трех их них по три раза. Трейтий мотив содержится в восьми последовательностях.
- Все три мотива встречаются в восьми последовательностях.
- Выравнивание, взятое из Pfam, полностью соответствует мотивам.