Описание команды "infoseq"
EMBOSS( European Molecular Biology Open Software Suite) - это пакет, специально разработанный для исследований в области молекулярной биологии и биоинформатики, позволяющий осуществить поиск последовательностей в интеренте.
Одной из ее команд является infoseq.Выходной поток этой команды включает в себя основную информацию о последовательности белков и нуклеиновых кислот, а именно: адрес последовательности (Uniform Sequence Address), имя(name), код доступа(accession number), тип (нуклеиновая кислота или белок), число аминокислотных остатков или длину последовательности (length) и описание(description).
Основные параметры команды
| Параметры | Описание | Примеры |
| -help | Показывает показывает основную информацию о команде infoseq. | infoseq -help >help |
| -sequence | Показывает имена последовательностей, основную информацию, включая USA. | infoseq -sequence sw:urhg2_bac* > sequence.txt |
| -outfile | Записывает информацию в нужный файл. | infoseq -outfile outfile sw:urhg2_bacsu |
| -html | Создает html-страницу с основными данными о белке, упорядоченными в таблице. | infoseq -html sw:urhg2_bacsu > protein.html |
| -no | Пишется слитно с другим параметром. Выходной поток состоит отрицания слдеющего за "-no" параметра. | infoseq -nocolumns sw:urhg2_bacsu > no.txt |
| -columns | Информация отображается в виде колонок. | infoseq -columns sw:urhg2_bacsu > columns.txt |
| -delimiter | Разбивает информацию на части с помощью определенных символов(pipe по умолчанию). | infoseq -delimiter ! sw:urhg2_bacsu > delimiter.txt |
| -only | Выводит только определенный пункты информации, например,имя, организм и код доступа. | infoseq -only -name -accession sw:urhg2_bacsu > only.txt |
| -heading | Показывает названия колонок. Параметр -heading всегда выполняется по умолчанию. | infoseq -noheading sw:urhg2_bacsu > heading.txt |
| -USA | Данный параметр используется с -only и отображает единый адрес последовательности. | infoseq -only -usa sw:urhg2_bacsu > usa.txt |
| -database | Также используется с -only и отображает названия баз данных. | infoseq -only -database sw:urhg2_bacsu > database.txt |
| -name | Используется с -only и отображает имя последовательности. | infoseq -only -name sw:urhg2_bacsu > name.txt |
| -accession | Используется с -only и отображает код доступа. | infoseq -only -accession sw:urhg2_bacsu > accession.txt |
| -type | Используется с -only и отображает информацию о том, какой является последовательность, аминокислотной или нуклеотидной. | infoseq -only -type sw:urhg2_bacsu > type.txt |
| -length | Используется с -only и отображает длину последовательности. | infoseq -only -length sw:urhg2_bacsu > length.txt |
| -organism | Используется с -only и отображает название организма, к которому принадлежит данная последовательность. | infoseq -only -organism sw:urhg2_bacsu > organism.txt |
| -description | Используется с -only и отображает краткое описание последовательности. | infoseq -only -description sw:urhg2_bacsu > description.txt |
| -seqversion | Используется с -only и отображает версию последовательности. | infoseq -only -seqversion sw:urhg2_bacsu > seqversion.txt |