Изучение файла структурных факторов
С сайта PDB были загружены модель структуры 2D8L и файл структурных факторов.
В файле 2D8L.pdb расположена информация обо всех атомах белка, каждому из которых соответствует строчка ATOM. В файле 2d8l-sf.cif находится информация о рентгенструктрном эксперименте для кристалла данного белка.
В начале файла приводятся данные о кристаллической ячейке, затем общие сведения об эксперименте, длина падающей волны. Также должно быть преведено количество структурных факторов:
_reflns.number_obs 47953
_reflns.number_all ?
Таким образом, нам неизвестно полное число структурных факторов, а известно только использованное количество.
Для каждого структурного фактора указан ряд параметров, один из них _refln.status. Он может принимать значения: о - число структурных факторов, использованных для оптимизации модели, f - число структурных факторов, использованных для построения модели, х - число неизмеренных структурных факторов.
| o | 45550 |
| f | 2403 |
| x | 0 |
| Сумма | 47953 |
Получается, что все факторы измерены (x=0) и нет пропущенных троек чисел (h,k,l). Не измеренные структурные факторы соответствуют явно пропущенным тройкам чисел (h,k, l). Явно пропущенные - это такие, что (1) их нет в файле; (2) хотя бы одна тройка (h',k', l') с h'>=h, k'>=k, l'>=l Присутствует в файле. Значит, полное число структурных факторов составляет 47953.
Таблица структурных факторов:2d8l-sf.xlsx