BLAST |
Назад |
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) – программы, ищущие гомологи белка по их первичной структуре. BLAST также может применяться и для поиска родственных нуклеиновых кислот. В данном задании будет использоваться дополненная интерфейсом версия
blastp.Я провёл поиск гомологов данного мне для работы белка YokD_BacSu (ID:O32003). В приведённой ниже сводной таблице я исключил сам белок из результатов поиска.
Табл.1 Результаты поиска гипотетических гомологов белка YokD_BacSu
| Поиск по Swiss-Prot | Поиск по PDB | Поиск по "nr" | |
1. Лучшая находка |
|||
| Accession | P29810.1 | 3IJW_A | YP_003598306.1 |
| E-value | 3x10-41 | 2x10-98 | 1x10-113 |
| Bit score | 148 | 293 | 338 |
| Identities | 30%(84/280) | 53% (138/259) | 64% (167/262) |
| Query-Subject length ratio | 272/281 | 272/264 | 272/264 |
2. Число находок с E-value < 10–10 |
8 | 5 | 493 |
3. Последняя находка с E-value < 1 |
|||
| Номер находки в списке описаний | 12 | 6 | 594 |
| Accession | Q2NCT7.1 | 3SMA | ZP_14182363.1 |
| E-value | 0.30 | 2x10-68 | 0.94 |
| Bit-score | 35.4 | 217.0 | 37.0 |
| Identtities | 33% (27/83) | 45% (115/257) | 30% (22/73) |
| Similarity | 44% (37/83) | 60% (156/257) | 52% (38/73) |
| Query cover | 27% | 93% | 25% |
| Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке соотв.) | 192-266, 148-230 | 13-265, 23-277 | 1-69, 1-73 |
| Gaps | 9% (8/83) | 2% (6/257) | 5% (4/73) |
| Query-Subject length ratio | 272/266 | 272/286 | 272/79 |
Во всех трёх поисках были найдены исходные белки, хотя при поиске в nr он был спрятан в списке альтернативных последовательностей первой находки.
Стандартными ограничителями установлены количество находок не более сотни и E-value не более 10. В первых двух запросах эти ограничения не мешали поиску гипотетических гомологов, однако при поиске в nr в связи с большим объёмом выдачи мне пришлось ограничить E-value до 1, а количество результатов до 1000, так как при стандартных ограничителях последним был сотый результат с E-value 2х-92.
При поиске в PDB было меньше всего находок, поскольку трёхмерная структура исследована лишь у небольшой доли известных белков. Больше всего находок было обнаружено при поиске в nr, поскольку это объединение многих других БД, в том числе PDB и SwissProt.
При поиске в н/ц.Eukaryota применялась только БД nr, поскольку поиск по SwissProt для эукариот не дал удовлетворительных результатов. Представленный белок EKJ70874.1 является лишь гипотетическим
Табл.2 Результаты поиска лучшего гомолога белка YokD_BacSu c ограничениями по таксонам
| н/ц.Eukaryota | отд.Actinobacteria | отд.Actinobacteria | |
| Accession | EKJ70874.1 | P29809.1 | ZP_06916264.1 |
| Organism | Fusarium pseudograminearum CS3096 (аскомицет) | Streptomyces fradiae | Streptomyces sviceus |
| E-value | 3x10-81 | 2x10-42 | 5x10-76 |
| Identity | 46% | 32% | 45% |
| Bit-score | 237 | 148 | 240 |
| Query-Subject length ratio | 272/267 | 272/286 | 272/285 |
| Gaps | 0% (2/253) | 7% (21/277) | 2% (7/258) |
| БД | nr | SwissProt | nr |
При выравнивании оказалось, что гипотетический белок является мутантом части белка с отсечёнными концами (12 АО с N-конца и 7 с C-конца), а внутри выравнивания всего 2 гэпа. Помимо множества участков идентичности одного, двух или трёх АО есть два участка идентичности длиной в 4 АО и по одному участку идентичности в 5 АО, 9 и даже 10 АО.
фиг.1: Dot matrix view (карта локального сходства) для выравнивания белков O32003 и EKJ70874.1
При выравнивании последовательностей через BLAST параметры поиска теряют своё значение. Например, можно менять параметр E-value и карта локального сходства для последовательностей не изменится.