MEME;MAST

MEME;MAST	Назад
Главная Учёба Проекты Обо мне ФББ

При помощи программы MEME в отобранных для множественного выравнивания белках было обнаружено множество мотивов, как длинных, так и коротких, как встречающихся во всех последовательностях, так и только в нескольких. Для иллюстрации в табл.1 я представил только самые протяжённые мотивы, характерные для всей выборки белков. Информацию о всех мотивах можно просмотреть здесь.

табл.1 – описание мотивов

№	Кол-во послед-й, в к-рых встретился мотив	Длина мотива, АО	E-value	LOGO (паттерн)
1	32	44	1.6 х 10^-572	MG[VA][ILV][PA]E[TC][FV]RT[WY]PG[AV]VRSxHPQTS[FV]AA[WI]G[AP]NAEF[IL]T[EA][GD]HALDYGL
2	32	39	3.8 x 10^-545	GExSPL[AG]RL[YE][DE][LR][DGN][AG]KVL[LM][LI]G[VA]G[YFH]DT[CN]T[SC][LF]HLAE[YH]RAD[SI]P
3	33	39	2.2 x 10 ^-500	[LI]VHSSL[SK][SA][LI]GWVNGG[AP][QV][AT][VL][VI][QD]ALLD[VA][LV][TG][PE]EGTLV[MV]PT[HQ][STW]

Если сравнивать локальные выравнивания, полученные при помощи MEME с готовым глобальным Muscle-выравниванием, то можно увидеть, что за счёт удаления из МЕМЕ-выравниваний некоторых последовательностей удалось избежать в них введения пробелов (см.фиг.1). Поэтому полученные блоки и не совпадают с таковыми в полных выравниваниях. Ccылка на выравнивание с блоками

фиг.1 – расположение выявленных мотивов в множественном выравнивании. Красным обозначены колонки пробелов. Второй и первый мотив идут один за другим, поэтому для наглядности я разорвал выравнивание в месте их стыка. У мотивов №3 и №1 названия белков, из которых он был выделен, написаны слева, а у №2 – справа.

По этой ссылке вы можете просмотреть html-страницу с результатом обработки MAST участков последовательностей, которые составляют домен Antibiotic_NAT в разных белках. Можно заметить, что обнаруженные в этом домене 3 мотива не совпадают с любым найденным в выборке, хотя очевидно, что на участок в YokD_BacSu, который занимает Antibiotic_NAT (33-265 AAR), должно приходиться целых 6 мотивов. Тот факт, что в выбранных белках упомянутый домен усечён, не имеет значения, поскольку он всё же достаточно длинный, чтобы вмещать все обнаруженные в домене мотивы. Но если приглядеться, то можно увидеть, что мотивы схожи: третий из MAST похож на третий мотив, описанный на этой странице (он же третий в странице результата МЕМЕ), но длиннее, второй из МЕМЕ и второй из MAST тоже похожи, но общая часть у них находится у первого ближе к N-концу, а у второго – к С-концу, а первый мотив из МЕМЕ гораздо длиннее, чем из MAST.
Таким образом, в выдаче MAST по домену Antibiotic_NAT имеются три мотива, которые отличаются от найденных при работе с гомологами белка YokD_BacSu, хотя и имеют общие участки со всеми тремя. К тому же в MAST не был найден домен №4, расположенный между №2 и №3, а также №6 и №5, расположенные после мотива №2. Подобную "слепоту" можно объяснить тем, что при работе с гомологами я рассматривал только родственные YokD_BacSu белки, то есть довольно узкую группу, которая имеет больше особенностей, чем всё семейство белков с доменом Antibiotic_NAT. MAST рассмотрела самый общий случай устройства домена и могла не посчитать характерными некоторые черты последовательностей.