Практикум 11

1. Выбор семейства доменов из Pfam и его описание

Мой выбор пал на семейство доменов PF00214

Рис. 1. Краткое описание семейства.

Кальцитонин - это полипептидный гормон, содержащий в себе 32 аминокислоты, который вызывает быстрое, но кратковременное снижение уровня кальция и фосфата в крови, помогая попадать этим ионам в кости. Такой процесс свойственнен гену альфа-типа этого гормона .Есть и бета-тип: альтернативный сплайсинг гена, кодирующего кальцитонин, дает отдаленно родственный пептид из 37 аминокислот, который называется пептидом связанным с геном кальцитонина (CGRP). CGRP вызывает расширение различных сосудов, в том числе коронарные, церебральные и системные сосуды. Также из описания следует, что CGRP присутствует и в ЦНС, что может говорить о том, что он выполняет функции нейромедиатора.

2. Описание выравнивания Seed

Ссылка на выравнивание Jalview

Рис. 2. Краткое описание выравнивания.

3. Карта локального сходства dot-plot

Рис. 3. Краткое описание карты dot-plot.

Рис. 4. Dot-plot

На карте виден всего один разрыв, который является инделем. Это может говорить о том, что могли произойти инсерции или делеции, но так как других разрывов не наблюдается, то можно предположить, что домены в составе этих белков поменялись не сильно.