Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК

Задание 1

C помощью команды fiber -a (-b; -z) -seq=GATC -rep=5 gatc-a(b;z).pdb были сгенерированны структуры ДНК A, B и Z формы.

  • А-форма
  • B-форма
  • Z-форма

    • Задание 2

    В качестве экспериментальной структуры была выбрана А-форма ДНК: Entry ID: 3v9d.

    Заданным мне азотистым основанием был Тимин(DT7).

    АтомыO2; C2; N1; C1';C2'; C3'; O3'; C4' обращены в сторону большой бороздки.

    Атома N3; C4; O4; C5; C6; C7; O4'; C5' обращены в сторону малой бороздки.

    Рис. 1. Азотистое основание Тимин. Красный цвет-атомы смотрят в сторону большой бороздки, синий-в сторону малой.

    Далее было проведено сравнение сгенерированных структур A; B и Z форм из Задания 1.

  • A-форма: Тип спирали: правая; Шаг спирали: 28.0 A ;Число оснований на виток: 11 ; Ширина большой бороздки: 16.8 A ; Ширина малой бороздки: 8.0 A.

  • B-форма: Тип спирали: правая; Шаг спирали: 33.8 A ;Число оснований на виток: 10 ; Ширина большой бороздки: 17.2 A ; Ширина малой бороздки: 11.7 A.

  • Z-форма: Тип спирали: левая; Шаг спирали: 43.5 A ;Число оснований на виток: 12 ; Ширина большой бороздки: 15.2 A ; Ширина малой бороздки: 9.9 A.

    • Задание 3

    Для исследования использовалась стуктура тРНК c Entry ID: 1G59.

    Координаты стеблей:Стебель 1 (501-507;572-566); Стебель 2 (549-553;565-561); Стебель 3 (538-544;532-526); Стебель 4 (510-513;525-522);

    Неканонические пары:G502-U571; U555-G517; A538-C532; A544-G526; U513-G522; A514-A521.

    Дополнительные водородные связи, стабилизирующие структуру тРНК (изолированные пары):U554-A558; U555-G517; U508-A546; A514-A521; G515-C548; G518-C556.