Предсказание вторичной структуры заданной тРНК и анализ НК-белкового комплекса

Задание 1

C помощью команды einverted -sequence 1g59.fasta -gap 12 -threshold 10 -match 2 -mismatch -2 -outfile outfile -outseq seqout была предсказана структура тРНК 1G59, а также был применен алгоритм Зукера для визуализации тРНК.

**Таблица 1. Сравнение вторичных структур тРНК.**

**Рис. 1. Предсказание вторичной структуры тРНК по алгоритму Зукера.**

Задание 2

Упражнение 1

Ссылки на скрипты Jmol: Скрипт 1; Скрипт 2.

Упражнение 2

**Рис. 2. Количество различных ДНК-белковых контактов.**

Из таблицы видно, что в данном комплексе преобладают неполярные контакты - между ДНК и белком. Роль атомов малой бороздки крайне мала, так как был найден всего 1 контакт.

Упражнение 3

С помощью программы nucplot была получена популярная схема ДНК-белковых контактов

**Рис. 3. Схема ДНК-белковых контактов.**

В результате получилось, что больше всего контактов образует аминокислота Arg 29: 3 контакта

Упражнение 4

Наиболее важным аминокислотным остатком для распознавания последовательности ДНК я считаю Gln36 на цепи D, образующий 2 водородные связи с фосфатной группой цепи F, а также Gln43 на цепи D, которы связывается напрямую с цитозином цепи F.

Рис. 4 Водородные связи аминокислотного остатка Gln36 с фосфатной группой(левое изображение) и водородная связь аминокислотного остатка Gln43 напрямую с азотистым основанием-цитозином(правое изображение).