Практикум №4

1. Составление списка гомологичных белков, включающих паралоги

Я выбрал следующие бактерии: ACICJ; AGRFC; BURMA; ECOLI; RHIME; PASMU; SERP5 с помощью blastp с e-value 0.0001 я нашел гомологичные белки и составил их список с последовательностями.

**Рис 1. Выдача blastp с гомологичными белками, включая паралоги.**

2. Реконструкция и визуализация

**Рис 2. Филогенетическое дерево, построенное программой fastme с моделью p-distance -b 100, укорененное в среднюю точку.**

Файл с формулой Newick

**Рис 3. Филогенетическое дерево, с покрашенными наборами ортологичных групп.**

Паралоги: HSLU_ECOLI - CLPX_ECOLI; HSLU_SERP5 - CLPX_SERP5; HSLU_RHIME - CLPX_RHIME

Ортологи: CLPX_SERP5; CLPX_BURMA; CLPX_ACICJ

**Рис 4. Филогенетическое дерево, со схлопнутыми группами ортологов.**

Были схлопнуты в группу CLPX (ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX) CLPX_RHIME; CLPX_ACICJ; CLPX_AGRFC; CLPX_PASMU; CLPX_ECOLI; CLPX_SERP5; CLPX_BURMA, а также в группу HSLU (ATP-dependent protease ATPase subunit HslU) HSLU_ECOLI; HSLU_SERP5; HSLU_BURMA; HSLU_PASMU; HSLU_RHIME; HSLU_AGRFC

Я считаю, что филогения белков реконструированного дерева много где соответсвует филогении бактерий, но есть и некоторые расхождения. Один из примеров: в филогении бактерий SERP5; ECOLI находятся близко друг к другу, как и белки HSLU_ECOLI; HSLU_SERP5, в то же время PASMU; BURMA находятся дальше на дереве бактерий, чем HSLU_BURMA; HSLU_PASMU на дереве белков.