Практикум 7 бактерия Citrobacter Tructae

1. Выбор белка

При выборе белка я воспользовался поиском по taxonomy_id, из 4521-го белка я выбрал пятый по счету, меня заинтересовало его название, которое говорит о том, что этот белок отвечает за устойчивость к полимиксину. Его UniProt ID - A0A4P7J1X1_9ENTR. (taxonomy_id: 2562449)

Рис. 1. Выбор белка.

2. Информация о белке

Данный белок - Бифункциональный белок устойчивости к полимиксину ArnA является двухфункциональным ферментом, который катализирует окислительное декарбоксилирование УДФ-глюкуроновой кислоты (UDP-GlcUA) до УДФ-4-кетоарабинозы (UDP-Ara4O), а также присоединение формильной группы к УДФ-4-амино-4-дезокси-L- арабинозу (UDP-L-Ara4N) с образованием UDP-L-4-формамидоарабинозы (UDP-L-Ara4FN). Модифицированная арабиноза присоединяется к липиду А и необходима для устойчивости к полимиксину и катионным антимикробным пептидам.

3. Поисковые запросы

Вопрос 1: встречается ли рассматриваемый ген в других организмах? Поисковый запрос:(gene:arnA) AND (taxonomy_id:2562449)

Рис. 3. Поисковый запрос 1

Вопрос 2: Встречается ли данный ген в белках, выведенных по гомологии?(gene:arnA) AND (existence:3)

Рис. 4. Поисковый запрос 2

Вопрос 3: есть ли в протеоме данной бактерии ферменты класса оксидоредуктаз?(taxonomy_id:2562449) AND (ec:1)

Рис. 5. Поисковый запрос 3