В качестве протеома, который описывает мою бактерию Citrobacter Tructae, я выбрал ее собственный протеом, он принадлежит к категории other proteomes. Его идентификатор:UP000296284, команда для скачивания wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=(proteome:UP000296284)' -O UP000296284.swiss.gz, количество белков 4515, все они есть в базе TrEMBLно ни одного не записано в Swiss-Prot. По CPD протеом со средним значением - close to stndart(low value), а параметр BUSCO очень высокий:C:100% (S:99.8% D:0.2%) F:0% M:0%. Также данная бактерия является патогенной.
На роль контрольного протеома я выбрал референсный бактерииE.coli:UP000000625,команда для скачивания wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=(proteome:UP000000625)' -O UP000000625.swiss.gz количество белков 4404. Парметр CPD имеет среднее значение -close to standart(low value), параметр BUSCO очень хороший C:100% (S:99.1% D:0.9%) F:0% M:0%. Для сравнения я выбрал именно эту бактерию так как все бактерии из моего рода очень близки по свойствам и сложно найти какие-то значительные отличия. Также в базе Swiss-Prot обнаружились записи практически всех белков - 4401, а в TrEMBL записано всего 3 белка.
Citrobacter tructae:
Количество трансмембранных белков-1063. Запрос:(proteome:UP000296284) AND (keyword: transmembrane)
Количество ферментов 1342. Запрос:(ec:*) AND (proteome:UP000296284)
Фактор вирулентности 3. Запрос:(proteome:UP000296284) AND (keyword: virulence)
E.coli:
Количество трансмембранных белков-994. Запрос:(proteome:UP000000625) AND (keyword: transmembrane)
Количество ферментов 1708. Запрос:(ec:*) AND (proteome:UP000000625)
Фактор вирулентности 3. Запрос:(proteome:UP000000625) AND (keyword: virulence)
Выводы:исходя из количества трансмембранных белков можно сказать, что обе бактерии обладают довольно развитой оболочкой, при этом Citrobacter Tructae за счет того, что у нее этих белков больше, активнее взаимодействует со внешней средой. У E.Coli больше ферментов, соответсвенно и больше протекает биохимических реакций, а также более сложный обмен веществ. Фактор вирулентности у обеих бактерий одинаков, это означает, что они обладают примерно одинаковой способностью спровоцировать заболевание организма.
Citrobacter tructae: 0 публикаций. Команда Bash:zgrep '^RX' UP000296284.swiss.gz | grep 'PubMed' | sort -u | wc -l
E.coli: 9579 публикаций. Команда Bash:zgrep '^RX' UP000000625.swiss.gz | grep 'PubMed' | sort -u | wc -l
Вывод:Протеом E.coliИмеет гораздо более качественные аннотации, такой вывод можно сделать исходя из того, что об этой бактерии написано много статей, что говорит о ее достаточно хорошей изученности, поэтому и протеом имеет более качественные аннотации.