Классификация функций. Коды ферментов.

Код исследуемого фермента взят из таблицы.

1. Объяснить, что значит заданный код фермента - 6.1.1.11.

   На главной странице сайта IUPAC (lNTERNATIONAL UNION OF PURE AND APPLIED CHEMISTRY) выбран раздел 'Nomenclature & Symbols', посвященный химической номенклатуре. В этом разделе выбрана гиперссылка 'IUBMB-IUPAC Joint Commisssion Biochemical Nomenclature (JCBN) ' - гиперссылка на страницу совместной комиссии IUBMB-IUPAC по биохимической номенклатуре (JCBN). На открывшейся странице выбрана ссылка на номенклатуру ферментов - 'Enzyme Nomenclature '.
   Итак, расшифровка кодов (на самом деле, это коды ферментативных реакций):
   • EC 6 - лигазы - ферменты, катализирующие присоединение двух молекул (за счет образования углерод-кислородных, углерод-азотных и пр. связей), сопровождающееся гидролизом дифосфатной связи АТФ. В некоторых случаях вместо "лигазы" используют термины "синтетазы", "карбоксилазы".
   • EC 6.1 - лигазы, формирующие углерод-кислородные связи;
   • EC 6.1.1 - лигазы, формирущие комплескы аминокислота - тРНК (т.е. при этом тРНК служит для преноса аминокислот и их производных). Это аминоацил-тРНК-синтетаза;
   • EC 6.1.1.11 (*) - лигаза, участвующая в формировании комплекса серин - тРНК (тРНК, переносящая серин). Это фермент сериновая аминоацил-тРНК-синтетаза.
     (*):
     • катализ реакции: ATP + L-serine + tRNA^Ser = AMP + diphosphate + L-seryl-tRNA^Ser;
     • синонимы: seryl-tRNA synthetase (серил-тРНК синтетаза); SerRS; seryl-transfer ribonucleate synthetase; seryl-transfer RNA synthetase (синтетаза серил-переносящей РНК); serine translase;
     • Также этот фермент узнает tRNASec - специальную тРНК, переносящую селеноцистеин, и катализирует образование L-seryl-tRNASec - субстрата фермента EC 2.9.1.1 (L-seryl-tRNASec селен трансферазы).

2. Сравнение последовательностей ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов.

   Задача: с помощью SRS по коду ЕС 6.1.1.11 найти в UniProt все ферменты из 3-х хорошо изученных модельных организмов - кишечной палочки Escherichia coli K-12, археи Methanococcus jannaschii и человека.

   Т.к. сначала создать "целостный" запрос, на который сразу бы выдавались только интересующие находки не получалось, был выбран такой порядок действий:

   • сначала получаем все записи, в которых есть код 6.1.1.11 и просим их всех отобразить на одной странице (Show 1000 results per page - значения 1000 оказалось достаточно, т.к. всего находок - 550); строка запроса - [uniprot-ECNumber:6.1.1.11]
   • затем, учитывая что для белков из этих организмов приняты короткие имена, оканчивающиеся на "_ECOLI", "_HUMAN", "_METJA", проводим поиск по странице ("Правка" + "Ctrl+F") по "_ECOLI", "_HUMAN", "_METJA"; отмечаем нужные нам документы галочками в соответствующем поле; потом - устанавливаем "Apply Options to: selected results only" и "Show 10 results per page" (10 - число, которого оказалось достаточно, т.к. "нужных" находок 6 шт), применяем выбранные опции;
   • итог: получили 6 интересующих находок.

   Однако рациональнее все-таки сразу использовать правильный запрос: ([uniprot-ECNumber:6.1.1.11] & (([uniprot-ID:*_ECOLI] | [uniprot-ID:*_HUMAN]) | [uniprot-ID:*_METJA])) =
   6.1.1.11 & (*_ECOLI | *_HUMAN | *_METJA).

   Теперь предстоит сравнить доменную структуру найденных белков (! - сравнивать только домены Pfam); для этого используется вариант просмотра результата "View results using: SW_InterProMatches", который позволяет быстро посмотреть на все мотивы в последовательностях. По полученным данным заполняется таблица такого вида:

Сравнение доменной структуры ферментов из далеких организмов: Escherichia coli K-12, археи Methanococcus jannaschii и человека.

Комментарий к увиденному: для белка A2UNU9_ECOLI доменная структура не приведена, смотрим соответствующий документ UniProt (почему нет доменной структуры?):


• в поле Description указано, что данный белок - серил-тРНК синтетаза (EC 6.1.1.11); а далее в документе, в поле CAUTION, сказано, что аминокислотная последовательность данного белка получена из нуклеотидной последовательности полного генома (БД EMBL/GenBank/DDBJ) - поэтому результат предварительный.
• И еще примечание к документу A2UNU9_ECOLI: "Organism source" - Escherichia coli B.
  Для остальных 5ти найденных белков доменная структура приведена, причем домен PF00587 [тРНК синтетаза, класс II (G, H, P и S) - домен, включающий в себя глицин, гистидин, пролин, треонин и серин тРНК синтетазы - состоит из 2ух и более субъединиц] есть у всех, а домен PF02403 [серил-тРНК синтетаза, класс IIa - мономер] - у 3х из них.
  Таким образом, для выполнения указанной ферментативной функции необходим как минимум домен PF00587.
  Имена соответствующих генов указаны для 4х находок UniProt; для Q8N208_HUMAN и A2UNU9_ECOLI - нет - значит эти последовательности далее я не исследую!

  Затем нужно оценить сходство последовательностей аминокислот в гомологичных доменах. Это можно сделать двумя способами:

  1. сохранить выбранные последовательности в формате FASTA, определить попарное сходство (программой Needle, например); предварительно для этих целей создать скрипт;
  2. использовать встроенные в SRS программы: в меню Launch analysis tool выбрать нужную программу (в частности, NeedleP) и запустить ее; потом указать границы 2х фрагментов 2х сравниваемых последовательностей; получить результаты...

  Я выбрала 1ый метод.

  Итак, используемые команды (на примере SYSC_HUMAN):

  seqret -help -verbose

  - чтобы узнать о параметрах программы;

  seqret sw:P49591 -sbegin1 202 -send1 385 stdout >> SYSC_HUMAN.fasta

  - для получения нужного для последующего выравнивания участка последовательности SYSC_HUMAN;

  needle SYSC_HUMAN.fasta SYSM_HUMAN.fasta -gapopen 10 -gapextend 0.5 stdout >> SYSC_HUMAN-SYSM_HUMAN.txt

  - для получения попарного выравнивания последовательностей аминокислот в гомологичных доменах;

  cat SYSC_HUMAN-SYSM_HUMAN.txt >> PF00587_aln.txt

  - для получения всех попарных выравниваний в одном файле;

  chmod +x pair_aln.chmod
  ./pair_aln.chmod

  - чтобы сделать скрипт исполняемым.

  На основании этого составлен скрипт для получения всех попарных выравниваний в одном файле.

  • для домена PF00587 (полученный после исполнения файл - см. здесь):
    

    ######################################## # Program: needle # Rundate: Sun Mar 25 2007 14:01:41 # Commandline: needle # [-asequence] SYSC_HUMAN_1.fasta # [-bsequence] SYSM_HUMAN_1.fasta # -gapopen 10 # -gapextend 0.5 # [-outfile] stdout # Align_format: srspair # Report_file: stdout ######################################## #======================================= # # Aligned_sequences: 2 # 1: SYSC_HUMAN # 2: SYSM_HUMAN # Matrix: EBLOSUM62 # Gap_penalty: 10.0 # Extend_penalty: 0.5 # # Length: 186 # Identity: 50/186 (26.9%) # Similarity: 90/186 (48.4%) # Gaps: 12/186 ( 6.5%) # Score: 230.5 # # #======================================= SYSC_HUMAN 1 FLEQALIQYALRTLGSRGYIPIYTPFFMRKEVMQEVAQLSQFD-EELYKV 49 |:..|:.:....|..||:.|:..|..:|..|.:........: .::|.: SYSM_HUMAN 1 -LQHGLVNFTFNKLLRRGFTPMTVPDLLRGAVFEGCGMTPNANPSQIYNI 49 SYSC_HUMAN 50 IGKGSEKSDDNSYDEKYLIATSEQPIAALHRDEWLRPEDLPIKYAGLSTC 99 |...:.:..|..|:|..:|....|..:...|||::....||| SYSM_HUMAN 50 --------DPARFKDLNLAGTAEVGLAGYFMDHTVAFRDLPVRMVCSSTC 91 SYSC_HUMAN 100 FRQEVGSHGRDTRGIFRVHQFEKIEQFVYSSPHDNKSWEMFEEMITTAEE 149 :|.|..: |::.||::|||.|.|:|.|..:.|...:|.::.||.::...| SYSM_HUMAN 92 YRAETNT-GQEPRGLYRVHHFTKVEMFGVTGPGLEQSSQLLEEFLSLQME 140 SYSC_HUMAN 150 FYQSLGIPYHIVNIVSGSLNHAASKKLDLEAWFPG- 184 ....||:.:.::::.:..|...|.:|.|:|||.|| SYSM_HUMAN 141 ILTELGLHFRVLDMPTQELGLPAYRKFDIEAWMPGR 176 #--------------------------------------- #--------------------------------------- #======================================= # # Aligned_sequences: 2 # 1: SYSC_HUMAN # 2: SYS_ECOLI # Matrix: EBLOSUM62 # Gap_penalty: 10.0 # Extend_penalty: 0.5 # # Length: 186 # Identity: 67/186 (36.0%) # Similarity: 98/186 (52.7%) # Gaps: 9/186 ( 4.8%) # Score: 294.5 # # #======================================= SYSC_HUMAN 1 FLEQALIQYALRT-LGSRGYIPIYTPFFMRKEVMQEVAQLSQFDEELYKV 49 :.:||.|:.|.. ....||...|.|:.:.::.:....||.:|..:|:.. SYS_ECOLI 1 -MHRALSQFMLDLHTEQHGYSENYVPYLVNQDTLYGTGQLPKFAGDLFHT 49 SYSC_HUMAN 50 IGKGSEKSDDNSYDEKYLIATSEQPIAALHRDEWLRPEDLPIKYAGLSTC 99 ....|::|.::| .||.|:|.|:..|.|.|.:..:|||||....:.| SYS_ECOLI 50 -RPLEEEADTSNY---ALIPTAEVPLTNLVRGEIIDEDDLPIKMTAHTPC 95 SYSC_HUMAN 100 FRQEVGSHGRDTRGIFRVHQFEKIEQFVYSSPHDNKSWEMFEEMITTAEE 149 ||.|.||:||||||:.|:|||:|:|......|.| |....|||...||: SYS_ECOLI 96 FRSEAGSYGRDTRGLIRMHQFDKVEMVQIVRPED--SMAALEEMTGHAEK 143 SYSC_HUMAN 150 FYQSLGIPYHIVNIVSGSLNHAASKKLDLEAWFPG- 184 ..|.||:||..:.:.:|.:...|.|..|||.|.|. SYS_ECOLI 144 VLQLLGLPYRKIILCTGDMGFGACKTYDLEVWIPAQ 179 #--------------------------------------- #--------------------------------------- #======================================= # # Aligned_sequences: 2 # 1: SYSC_HUMAN # 2: SYS_METJA # Matrix: EBLOSUM62 # Gap_penalty: 10.0 # Extend_penalty: 0.5 # # Length: 219 # Identity: 44/219 (20.1%) # Similarity: 76/219 (34.7%) # Gaps: 67/219 (30.6%) # Score: 69.5 # # #======================================= SYSC_HUMAN 1 ---FLEQALIQYALRTLGSRGYIPIYTPFFMRKEVMQEVAQLSQFDEELY 47 .||:.:::..::.: |:.....|..:..|:|.::..|....|.:| SYS_METJA 1 LFRALEELIVEEVVKKI---GFQECLFPKLIPLEIMYKMRYLEGLPEGMY 47 SYSC_HUMAN 48 KV------------------IGK--GSEKSDDNSYDEKYLIATSE-QPIA 76 .| |.| ..||..:...|..|::|.:: :|.. SYS_METJA 48 YVCPPKREPELFKEFVNEMMIKKEIPIEKLKNLLRDPGYVLAPAQCEPFY 97 SYSC_HUMAN 77 ALHRDEWLRPEDLPIKYAGLS-TCFRQEVGSHGRDTRGIFRVHQFEKIEQ 125 .....|.: ..|.||.:...| ..:|.| |...||:.||::|.::|. SYS_METJA 98 QFFEGEVI-DVDKPIMFFDRSGWTYRWE----GGGARGLDRVNEFLRVEC 142 SYSC_HUMAN 126 FVYSSPHDNKSWEMFEEMITTAEEFYQSLGIPYHIVNIVSGSLNHAASKK 175 ....|| |..||......::.:.| ::| SYS_METJA 143 VWIGSP------EFVEETRDKTLKYAEKL------------------AEK 168 SYSC_HUMAN 176 LDLEAWFPG---------- 184 ||||.|... SYS_METJA 169 LDLEYWVEVGDDPFYLEGR 187 #--------------------------------------- #--------------------------------------- #======================================= # # Aligned_sequences: 2 # 1: SYSM_HUMAN # 2: SYS_ECOLI # Matrix: EBLOSUM62 # Gap_penalty: 10.0 # Extend_penalty: 0.5 # # Length: 182 # Identity: 53/182 (29.1%) # Similarity: 86/182 (47.3%) # Gaps: 9/182 ( 4.9%) # Score: 198.0 # # #======================================= SYSM_HUMAN 1 LQHGLVNFTFN-KLLRRGFTPMTVPDLLRGAVFEGCGMTPNANPSQIYNI 49 :...|..|..: ...:.|::...||.|:......|.|..|.. ...:::. SYS_ECOLI 1 MHRALSQFMLDLHTEQHGYSENYVPYLVNQDTLYGTGQLPKF-AGDLFHT 49 SYSM_HUMAN 50 DP----ARFKDLNLAGTAEVGLAGYFMDHTVAFRDLPVRMVCSSTCYRAE 95 .| |...:..|..||||.|........:...|||::|...:.|:|:| SYS_ECOLI 50 RPLEEEADTSNYALIPTAEVPLTNLVRGEIIDEDDLPIKMTAHTPCFRSE 99 SYSM_HUMAN 96 TNT-GQEPRGLYRVHHFTKVEMFGVTGPGLEQSSQLLEEFLSLQMEILTE 144 ..: |::.|||.|:|.|.||||..:..| |.|...|||......::|.. SYS_ECOLI 100 AGSYGRDTRGLIRMHQFDKVEMVQIVRP--EDSMAALEEMTGHAEKVLQL 147 SYSM_HUMAN 145 LGLHFRVLDMPTQELGLPAYRKFDIEAWMPGR 176 |||.:|.:.:.|.::|..|.:.:|:|.|:|.: SYS_ECOLI 148 LGLPYRKIILCTGDMGFGACKTYDLEVWIPAQ 179 #--------------------------------------- #--------------------------------------- #======================================= # # Aligned_sequences: 2 # 1: SYSM_HUMAN # 2: SYS_METJA # Matrix: EBLOSUM62 # Gap_penalty: 10.0 # Extend_penalty: 0.5 # # Length: 228 # Identity: 42/228 (18.4%) # Similarity: 68/228 (29.8%) # Gaps: 93/228 (40.8%) # Score: 53.5 # # #======================================= SYSM_HUMAN 1 LQHGLVNFTFNKLLRRGFTPMTVPDLLRGAVFEGCGMTPNANPSQI---- 46 |.|....:.|.::::...|:.| :.|...|.:| SYS_METJA 1 -------------LFRALEELIVEEVVKKIGFQEC-LFPKLIPLEIMYKM 36 SYSM_HUMAN 47 ----------YNI-----DPARFKDL--NLAGTAEVGL---------AGY 70 |.: :|..||:. .:....|:.: .|| SYS_METJA 37 RYLEGLPEGMYYVCPPKREPELFKEFVNEMMIKKEIPIEKLKNLLRDPGY 86 SYSM_HUMAN 71 ------------FMDHTVAFRDLPVRMV-CSSTCYRAETNTGQEPRGLYR 107 |.:..|...|.|:... .|...||.| |...|||.| SYS_METJA 87 VLAPAQCEPFYQFFEGEVIDVDKPIMFFDRSGWTYRWE---GGGARGLDR 133 SYSM_HUMAN 108 VHHFTKVEMFGVTGPGLEQSSQLLEEFLSLQMEILTELGLHFRVLDMPTQ 157 |:.|.:||...:..| :.:||.....::...:|. SYS_METJA 134 VNEFLRVECVWIGSP------EFVEETRDKTLKYAEKLA----------- 166 SYSM_HUMAN 158 ELGLPAYRKFDIEAW---------MPGR 176 .|.|:|.| :.|| SYS_METJA 167 -------EKLDLEYWVEVGDDPFYLEGR 187 #--------------------------------------- #--------------------------------------- #======================================= # # Aligned_sequences: 2 # 1: SYS_ECOLI # 2: SYS_METJA # Matrix: EBLOSUM62 # Gap_penalty: 10.0 # Extend_penalty: 0.5 # # Length: 216 # Identity: 44/216 (20.4%) # Similarity: 72/216 (33.3%) # Gaps: 66/216 (30.6%) # Score: 112.0 # # #======================================= SYS_ECOLI 1 MHRALSQFMLDLHTEQHGYSENYVPYLVNQDTLYGTGQLPKFAGDLFHTR 50 :.|||.:.:::...::.|:.|...|.|:..:.:|....|......:::.. SYS_METJA 1 LFRALEELIVEEVVKKIGFQECLFPKLIPLEIMYKMRYLEGLPEGMYYVC 50 SYS_ECOLI 51 PLEEEAD-------------------------TSNYALIPTAEVPLTNLV 75 |.:.|.: ...|.|.|....|..... SYS_METJA 51 PPKREPELFKEFVNEMMIKKEIPIEKLKNLLRDPGYVLAPAQCEPFYQFF 100 SYS_ECOLI 76 RGEIIDEDDLPIKMTAHTPCFRSEAGSY---GRDTRGLIRMHQFDKVEMV 122 .||:||.|. ||.. |.....:| |...|||.|:::|.:||.| SYS_METJA 101 EGEVIDVDK-PIMF------FDRSGWTYRWEGGGARGLDRVNEFLRVECV 143 SYS_ECOLI 123 QIVRPEDSMAALEEMTGHAEKVLQLLGLPYRKIILCTGDMGFGACKTYDL 172 .|..||......::...:|||:.:.| || SYS_METJA 144 WIGSPEFVEETRDKTLKYAEKLAEKL----------------------DL 171 SYS_ECOLI 173 EVWIPAQ--------- 179 |.|:... SYS_METJA 172 EYWVEVGDDPFYLEGR 187 #---------------------------------------

  • для домена PF02403 (полученный после исполнения файл - см. здесь):
    

    ######################################## # Program: needle # Rundate: Sun Mar 25 2007 14:01:41 # Commandline: needle # [-asequence] SYSC_HUMAN_2.fasta # [-bsequence] SYSM_HUMAN_2.fasta # -gapopen 10 # -gapextend 0.5 # [-outfile] stdout # Align_format: srspair # Report_file: stdout ######################################## #======================================= # # Aligned_sequences: 2 # 1: SYSC_HUMAN # 2: SYSM_HUMAN # Matrix: EBLOSUM62 # Gap_penalty: 10.0 # Extend_penalty: 0.5 # # Length: 143 # Identity: 26/143 (18.2%) # Similarity: 42/143 (29.4%) # Gaps: 57/143 (39.9%) # Score: 12.5 # # #======================================= SYSC_HUMAN 1 MVLDLDLF-RVDKGGDPALIRETQEKRFKD-PGLVDQLVKADSEWRRCRF 48 ||::.| ...:....||.....|.|..| |.:: |.|:..|. SYSM_HUMAN 1 --LDIERFCACPEEAAHALELRKGELRSADLPAII-------STWQELRQ 41 SYSC_HUMAN 49 RADNLNKLKNLCSKTIGEKMKKKEPV---------GDDESVPENVLSFDD 89 ..:.:..|:. ||....|.| |:.:..|: :.. SYSM_HUMAN 42 LQEQIRSLEE-------EKAAVTEAVRALLANQDSGEVQQDPK----YQG 80 SYSC_HUMAN 90 LTADALANLKVSQIKK--VRLLIDE------------------ 112 |.| :..:|:| |.|...| SYSM_HUMAN 81 LRA------RGREIRKELVHLYPREAQLEEQFYLQALKLPNQT 117 #--------------------------------------- #--------------------------------------- #======================================= # # Aligned_sequences: 2 # 1: SYSC_HUMAN # 2: SYS_ECOLI # Matrix: EBLOSUM62 # Gap_penalty: 10.0 # Extend_penalty: 0.5 # # Length: 121 # Identity: 31/121 (25.6%) # Similarity: 55/121 (45.5%) # Gaps: 23/121 (19.0%) # Score: 54.0 # # #======================================= SYSC_HUMAN 1 MVLDLDLFRVDKGGDPALIRETQEKR-FK-DPGLVDQLVKADSEWRRCRF 48 :||.:|.| .:|..:.|...:| || | ||:|...:...:..:. SYS_ECOLI 1 -MLDPNLLR----NEPDAVAEKLARRGFKLD---VDKLGALEERRKVLQV 42 SYSC_HUMAN 49 RADNLNKLKNLCSKTIGEKMKKKEPVGDDESVPENVLSFDDLTA-----D 93 :.:||...:|..||:||:...:.|.: :...:..|.|. ::|.| | SYS_ECOLI 43 KTENLQAERNSRSKSIGQAKARGEDI-EPLRLEVNKLG-EELDAAKAELD 90 SYSC_HUMAN 94 ALANLKVSQIKKVRLLIDE-- 112 ||. ::|:.:.|.|.. SYS_ECOLI 91 ALQ----AEIRDIALTIPNLP 107 #--------------------------------------- #--------------------------------------- #======================================= # # Aligned_sequences: 2 # 1: SYSM_HUMAN # 2: SYS_ECOLI # Matrix: EBLOSUM62 # Gap_penalty: 10.0 # Extend_penalty: 0.5 # # Length: 147 # Identity: 24/147 (16.3%) # Similarity: 43/147 (29.3%) # Gaps: 70/147 (47.6%) # Score: 35.5 # # #======================================= SYSM_HUMAN 1 ------------------------LDIERFCACPEEAAHALELRKGEL-- 24 ||:::..|. ||....|:::...| SYS_ECOLI 1 MLDPNLLRNEPDAVAEKLARRGFKLDVDKLGAL-EERRKVLQVKTENLQA 49 SYSM_HUMAN 25 ----RSADLPAIISTWQELRQLQEQIRSLEEEKAAVTEAVRALLANQDSG 70 ||..:....:..:::..|:.::..|.|| .:|.:|.| SYS_ECOLI 50 ERNSRSKSIGQAKARGEDIEPLRLEVNKLGEE----LDAAKAEL------ 89 SYSM_HUMAN 71 EVQQDPKYQGLRARGREIRKELVHLYPREAQLEEQFYLQALKLPNQT 117 ..|:|..|:| ||.:||.. SYS_ECOLI 90 --------DALQAEIRDI---------------------ALTIPNLP 107 #--------------------------------------- #---------------------------------------

  Таблицa, отражающая попарное сходство доменов (указаны проценты идентичности):

  • для домена PF00587:

    	SYSC_HUMAN	SYSM_HUMAN	SYS_ECOLI	SYS_METJA
    SYSC_HUMAN	100
    SYSM_HUMAN	26.9	100
    SYS_ECOLI	36.0	16.3	100
    SYS_METJA	20.1	18.4	20.4	100

  • для домена PF02403:

    	SYSC_HUMAN	SYSM_HUMAN	SYS_ECOLI
    SYSC_HUMAN	100
    SYSM_HUMAN	18.2	100
    SYS_ECOLI	25.6	16.3	100

  Итак, что получается: в обоих случаях (для обоих доменов), процент идентичности очень невысокий: от 16.3 (минимум) до 36.0 (максимум) %, в среднем - чуть больше 20%. причем процент идентичности для далеких организмов (кишечная палочка и человек, например) оказывается выше, чем процент идентичности последовательностей двух белков человека. Это свидетельствует о низкой консервативности последовательностей рассматриваемых доменов (... последовательностей ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов ). Однако для сохранения специфической ферментативной функции достаточно сохранения 3х консервативных участков (соответствующих сайтам связывания и каталитической активности (несущие консервативные аминокислотные остатки, ответственные за связывание с субстратом и катализ) - оба свойства высокоспецифичны; по данным S Cusack, M Hartlein, and R Leberman).
  Низкая консервативность последовательностей не влечет "несовпадения" 3D-структур (при соответствующем совмещении); для сохранения ферментативных (высокоспецифичных) функций необходимым является стабильность каталитического ядра (и "центра" связывания; "центра" узнавания), их пространственная ориентация, обеспечиваемые укладкой формирующих элементов вторичной структуры.