Отчет к заданию 11, 2011

Задание1. Поиск мотивов программой MEME

Найдено все 3 мотива.

Мотив 1 нашелся во всех последовательностях, 2 и 3 - аналогично, исключая белок Y2441_BACCZ.

Координаты и p-value мотивов в последовательности белка yfit_bacsu:

 Motif1	49-99    6.25e-56 
 Motif2	149-178  5.72e-26 
 Motif3	106-138  6.48e-24

Длины и e-value мотивов:

 Motif1	50  2.7e-286 
 Motif2	29  1.5e-104 
Motif3	32  1.0e-083

Задание2. Сравнение блоков(частичных выравниваний), найденных МЕМЕ, с полным выравниванием, выданным muscle

Блоки в составе выравнивания muscle

Участок выравнивания, содержащий первый блок

Участок выравнивания, содержащий второй блок

Участок выравнивания, содержащий третий блок

Оба выравнивания последовательностей в блоках практически идентичны. Есть очень малое различие: в нескольких последовательностях выранивания muscle (см. Болок3) есть сдвиг на 1-2 аа из-за дополнительных гэпов, что, вообще говоря, объясняется принципами работы программ: muscle - полное выравнивание, МЕМЕ - частичное.

Задание3. Поиск найденных мотивов в последовательностях seed

Выдача MAST

Motif1 встречается в 30 последовательностях из 56, Motif2 - 2 из 56, Motif3 - 26 из 56.

Ни в одном белке не нашлись все мотивы.

В общем, соответствует. Но простой пересмотр глазами весьма затруднителен. Необходима автоматицазия.

Задание4*. Сервис MEME Suite

По-моему, онлайн форма МЕМЕ работает довольно долго. Так, я задал исходный файл seed.fasta с 56 последовательностями и в течении более чем 10 минут не получил полного отчета, подобного тому, что было в предыдущем задании, хотя короткий отчет (число мотивов, длины последовательностей) появился моментально.

Отчеты MAST и МЕМЕ такие же, как если бы пользоваться этими программами на машине kodomo, но более "дружественные".

Конечно, создателям этого пакета программ не мешало бы поработать над дизайном отчетов, да и самого внешнего вида сайта, придать ему несколько более современный вид - чтобы помимо хороших результатов получать больше эстетического наслаждения.