Эволюционная модель





Создание сценария "дальнейшей эволюции" гена rplY

Ген rlpY кодирует рибосомный белок L25 E.coli.
Последовательность гена содержит 285 пар нуклеотидов (это соответствует 94 аминокислотным остаткам белка + стоп-кодон).

В качестве отправной точки для работы была использована скобочная структура дерева, описывающего сценарий "дальнейшей эволюции" гена rplY.

Скобочная структура дерева:

(
A:100, 
(B:60, 
(((C:15,D:15):30,
E:45):10,
F:55):5):40
);

В данной скобочной структуре расстояния представляют собой число мутаций на 100 п.н.
Для дальнейшей работы их требовалось перевести в число мутаций на полную последовательность гена.

Формула для пересчета: 

В общем виде:
X = N * (L/100), где 
N - число мутаций на 100 п.н., 
L - длина последовательности гена, 
X - число мутаций на полную последовательность гена.

Конкретно для данного гена:
		   X = N * (285/100) = N * 2,85

С помощью автофигур редактора Word создано изображение дерева, соответствующего заданной структуре. Названы все узлы дерева, указаны расстояния (как число мутаций).



Цифры указывают число мутаций на последовательность гена.
Желтые кружки - предполагаемые последовательности генов, предковые для воображаемых
дочерних по отношению к rplY генов.
Зеленые кружки - воображаемые дочерние по отношению к rplY гены.
Узел «0» - последовательность гена rplY.



С помощью программы msbar пакета EMBOSS получены последовательности,
соответствующие всем вершинам и внутренним узлам дерева.
Для уменьшения объема ручного труда и вероятности сделать допустить ошибку составлен скрипт - текстовый файл, строки которого представляет собой команды UNIX.

Составленный скрипт:

msbar p0.fasta A.fasta -point 4 -count 285 -auto
msbar p0.fasta p1.fasta -point 4 -count 114 -auto
msbar p1.fasta B.fasta -point 4 -count 171 -auto
msbar p1.fasta p2.fasta -point 4 -count 13 -auto
msbar p2.fasta F.fasta -point 4 -count 157 -auto
msbar p2.fasta p3.fasta -point 4 -count 29 -auto
msbar p3.fasta E.fasta -point 4 -count 129 -auto
msbar p3.fasta p4.fasta -point 4 -count 86 -auto
msbar p4.fasta C.fasta -point 4 -count 43 -auto
msbar p4.fasta D.fasta -point 4 -count 43 -auto



Анализ модели

  1. Определение эволюционного расстояния между нуклеотидными последовательностями
  2. Сравнение методов реконструкции деревьев




Главная страница