• Главная
• Первый семестр
• Второй семестр
• Третий семестр

В директории Term3/Practice2 с помощью программы Putty указываем путь к 3DNA, вводя команды:

Задание	A- форма
Выделить сахарофосфатный остов ДНК
Выделить все нуклеотиды
Выделить все аденины
Выделить атом N7 во всех гуанинах
Выделить атом N7 только в первом по последовательности гуанине

На сайте PDB выполним поиск по идентификаторам 1FFY и 1R4O. Выберем подходящие варианты структур.

Выбранные варианты структур, представленные выше, сохранены в файлах 1FFY.pdb и 1R4O.pdb.

Данные структуры можно рассмотреть в программе RasMol, изучив их на наличие разрывов.
В рассматриваемых структурах 1FFY и 1R4O разрывы отсутствуют. Ниже представлены изображения только нуклеиновой кислоты в проволочной модели для рассматриваемых структур.

C помощью программы RasMol откроем файл gatc-b.pdb. Рассмотрим структуру B-формы ДНК и визуально определим большую и малую бороздку. Выберем в структуре цитозин и определим, какие атомы основания явно обращены в сторону большой бороздки, а какие в сторону малой:

С помощью программы ChemSketch получим изображение рассматриваемого основания. Выделим красным цветом атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, синим - в сторону малой:

Результаты изучения структур из файлов gatc-a.pdb, gatc-b.pdb и gatc-z.pdb с помощью программы RasMol запишем в виде таблицы 2:

Ниже приведена иллюстрация измерения ширины большой, малой бороздок и шага спирали в A-форме ДНК:

С помощью команды Settings -> Torsion в RasMol измерим торсионные углы цитозина. В таблице 3 приведены, кроме найденных величин, значения торсионных углов, данные для сравнения (см. в презентации).

Для каждого из файлов gatc-a.pdb, gatc-b.pdb и gatc-z.pdb была выполнена следующая команда:

find_pair -t gatc-x.pdb stdout | analyze

В результате для каждой структуры создан ряд файлов с описанием разных её параметров. Например, в файлах gatc-a.out, gatc-b.out и gatc-z.out можно найти значения торсионных углов. Для удобства значения торсионных углов для рассматриваемых структур приведены в файле torsion.txt.

Если сравнить значения соответствующих торсионных углов в структурах A-, B- и Z-форм ДНК, то в наибольшей степени различаются значения следующих углов: у A- и B-форм - δ и χ; у A- и Z-форм - α; у B- и Z-форм - α, ξ и χ. (Cравнения с торсионными углами Z-формы ДНК достаточно условны.)

Так как пакет 3DNA работает только со старым форматом .pdb, используем программу remediator для перевода файлов 1FFY.pdb и 1R4O.pdb в старый формат:

remediator --old "XXXX.pdb" > "XXXX_old.pdb"

Затем применим команды find_pair и analyze (использованные выше).

Значения торсионных углов в структуре тРНК (1FFY_old.pdb) для удобства приведены в файле torsion.txt. Данная структура больше всего похожа на A-форму ДНК, если рассматривать значения торсионных углов.

• 1. Акцепторный стебель состоит из участка 1-7 5'-конца и комплементарного ему участка 72-66 3'-конца.
  2. Т-стебель состоит из участка 49-53 и комплементарного ему 65-61.
  3. D-стебель состоит из участка 10-13 комплементарного ему 25-22.
  4. Антикодоновый стебель состоит из участка 38-44 комплементарен 32-26 .
• Структура содержит 10 неканонических пар из 30, среди них есть пара гуанин-цитозин, урацил-гуанин и другие.
• Есть 7 комплементарных пар, не входящих в стебли, предположительно стабилизирующих структуру:

   Strand I                    Strand II          Helix
    13   (0.005) T:..54_:[..U]U-**-xA[..A]:..58_:T (0.007)     |
    14   (0.008) T:..55_:[..U]Ux**+xG[..G]:..18_:T (0.011)     x
    15   (0.011) T:..36_:[..U]Ux**+-U[..U]:..33_:T (0.005)     |
    27   (0.003) T:..14_:[..A]A-**-xU[..U]:...8_:T (0.007)     |
    28   (0.006) T:..15_:[..G]G-**+xC[..C]:..48_:T (0.008)     x
    29   (0.005) T:..16_:[..G]Gx**-xU[..U]:..17_:T (0.003)     +
    30   (0.008) T:..19_:[..G]G-----C[..C]:..56_:T (0.004)     +
  
  

Из файла 1FFY_old.out узнаём, что наибольшая площадь перекрывания пар характерна для третьей секции (Section #0003)
С помощью команд :

 ex_str -3 stacking.pdb step3.pdb
 stack2img -cdolt step3.pdb step3.ps

© Nosikova Kate, 2012