Бутстреп-анализ и визуализация деревьев в пакете PHYLIP.

Bootstrap-анализ выравнивания мутированных последовательностей, соответствующих листьям дерева
   Алгоритм Bootstrap основан на том, что новые выравнивания создаются из исходного путём замены 50% позиций в исходном выравнивании на другие столбцы этого выравнивания (программа seqboot.exe). По полученным выравниваниям было построено 100 деревьев, причём значение отношения транзиций и трансверсий было выбрано равным 1 (программа dnaml.exe). Затем было создано консенсусное дерево (программа consence.exe), которое представлено ниже.

+-------------leafD +-99.0-| | | +------leafE +-98.0-| +-84.0-| | | +------leafF +------| | | | +--------------------leafC | | | +---------------------------leafA | +----------------------------------leafB

   Примечание: на внутренних ветвях консенсусного дерева указан процент встречаемости их в 100 построенных деревьях (бутстреп-значения).
Графические изображения дерева
   С помощью программы drawtree.exe создано два графических изображения дерева, полученного методом Neighbor-Joining: в бескорневом виде и в виде филограммы, ориентированной горизонтально и укоренённой в среднюю точку. Для переукоренения дерева была использована программа retree.exe.
   Ниже представлены полученные изображения деревьев (слева — в бескорневом виде, справа — в виде филограммы).

В начало страницы.
На главную страницу.