Классификация функций. Ферменты.

Номенклатура IUPAC


   Заданный код — EC 1.1.1.95.

   Расшифровка:


   Информация об IUPAC и IUBMB:
   Организация IUPAC была создана в 1919 году химиками из издустриальной отрасли и научного сообщества.
   Год создания международной комиссии по номенклатуре ферментов — 1956. Её основателем является M. Florkin.
   Последнее дополнение (11) к номенклатуре ферментов было принято в 2005 году.
   Последнее небольшое добавление датируется 17 феврвля 2006 года.

Информация специализированного ресурса Brenda


   Так выглядит ферментативная реакция:

   Ингибиторы ферментов:

   Активаторы ферментов:

   Оптимум pH — 9,5

   Болезней связанных с этим ферментом нет.

   Чаще всего встречаются тетрамерные субъединичные структуры.

   Для данного типа ферментов посттрансляционной модификации нет

Сравнение ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов

Было найдено три домена, два из которых присутствуют во всех белках, а один только в двух.

Организм Положение домена из Pfam (PF01842) — ACT в аминокислотной последовательности фермента Положение домена из Pfam (PF00389) — 2-Hacid_dh в аминокислотной последовательности фермента Положение домена из Pfam (PF02826) — 2-Hacid_dh_C в аминокислотной последовательности фермента
Escherichia coli K-12 337 – 408 12 – 325 116 – 293
Homo sapiens – 8 – 316 110 – 284
Methanococcus jannaschii 451 – 522 4 – 312 105 – 280

Для получения последовательностей доменов и проведения выравниваний были использованы следующие команды UNIX: 
extractseq sw:SERA_ECOLI
extractseq sw:SERA_HUMAN
extractseq sw:SERA_METJA
needle ecoli.fasta human.fasta 
needle ecoli.fasta metja.fasta
needle metja.fasta human.fasta

   Для программы extractseq в качестве дополнительных данных были использованы границы доменов.
   Параметры программы needle были взяты по умолчанию.

Выравнивания домена ACT:

Выравнивания домена 2-Hacid_dh:

Выравнивания домена 2-Hacid_dh_C:

Исходя из выравниваний, фермент из Escherichia coli K–12 имеет меньше сходства в последовательности аминокислот с белками из Methanococcus jannaschii и Homo sapiens, чем эти белки между собой.

Что можно найти в ENZYME?

   ENZYME — это база данных ферментативной номенклатуры Швейцарского Института Биоинформатики.
   Для каждого типа ферментов (соответствующего определённому коду по ферментативной номенклатуре) в базе данных содержится следующая информация:

В начало страницы.
На главную страницу.

©Кулагин Константин, 2006