Задание 1

Выбранная мной последовательность Caenorhabditis elegans.

  1. Выбран из последовательности Chromosome: X; NC_003284.9
  2. Координаты выбранного участка: 17,614,157 - 17,620,011
  3. Элементы последовательности:
    4. Nucl1
    17,614,545..17,619,622 - ген ncs-7, по краям находятся некодирующие области

Я искала гомологичные последовательности в кладе Scalidophora, сестринской кладе Nematoida, к которой относится Caenorhabditis elegans.

blastn: последовательностей не обнаружено (Word size: 7).

megablast: не нашлось ни одной последовательности (Word size: 16).

blastx: я получила 13 последовательностей (Word size: 5), E-value от 3e-16.

tblastx: я получила 10 последовательностей (Word size: 3), E-value от 1e-19.

По итогу, программы, основанные на чтении последовательности ДНК не давали никаких результатов, но программы, основанные на последовательности белка находили несколько гомлогов. Возможно, такие программы, как blastx или tblastx могут найти не обязательно гомлогичные белки, а те белки, у которых схожее строение (а значит и функции) с объектом исследования.

Задание 2

Blast проводился по 16S и 23S рРНК E. coli. 16S рРНК участвует в образовании рибосомы, является каркасом для присоединения рибосомальных белков, 23S рРНК необходима для формирования большой субъединицы рибосомы. Для этого задания у установила Blast+ на свой компьютер.

makeblastdb -in ../downloads/nepgen.fna -dbtype nucl - создание локальной базы данных на основе Caenorhabditis elegans.

blastn -task blastn -query 16S_rRNA_ecoli.txt -db nepgen.fna -out out_16S.txt -evalue 0.01 - blastn по 16S rRNA с E-value = 0.01. Файл

blastn -task blastn -query 23S_rRNA_ecoli.txt -db nepgen.fna -out out_23S.txt -evalue 0.01 - blastn по 23S rRNA с E-value = 0.01. Файл

Я использовала только программу blastn, так как последовательность кодирует рРНК, а значит трансляция не идет.

В результате я получила 4 находки для 16S rRNA, все последовательности 1 хромосомы. 2 - участки гена rrn-1.1, 2 - rrn-1.2, оба этих гена кодируют 18S рРНК.

Для 23S rRNA я получила 7 находок, все на первой хромосоме. В основном это гены, кодирующие 26S рРНК, или псевдоген ее фрагмента.