Внутримолекулярные взаимодействия в белке AHBA synthase

Внутримолекулярные взаимодействия в белке AHBA synthase
Главная	Солевые мостики Аминокислотные остатки, участвующие в образовании солевых мостиков в белке AHBA synthase изображены на рис.1. Данное изображение было получено при помощи модификации скрипта «atom-types», любезно предоставленного нашими преподавателями. Ниже приведены дополнительные команды, необходимые для поиска солевых мостиков. select within(GROUP, within(3.5, hbpositive) and hbnegative) or within(GROUP, within(3.5, hbnegative) and hbpositive) Рис. 1. Солевые мостики в белке AHBA synthase. Тонкой серой линией изображена главная цепь белка. Аминокислотные остатки, участвующие в образовании солевых мостиков выделены согласно типу атомов (красный – кислород, синий – азот, серый – углерод). Пунктирными линиями изображены связи, образующиеся между заряженными радикалами аминокислотных остатков Рассмотрим солевой мостик между двумя аминокислотными остатками. Его графическое изображение представлено на рис. 2. В качестве доноров протонов выступают H1 и H2 атомы азота (за А-атом принимают альфа-атом) аминокислотного остатка аргинина 34. В качестве акцепторов протонов выступают E1 и E2 атомы кислорода аминокислотного остатка глутаминовой кислоты 44. Расстояние между NH1 и OE2 атомами 2.69 ангстрема, а между NH2 и ОE1 атомами 2.98 ангстрема Рис. 2. Солевой мостик между аминокислотными остатками аргинина 34 и глутаминовой кислоты 44. Остатки выделены согласно типу атомов (красный – кислород, синий – азот, серый – углерод). Пунктирные линии обозначают водородные связи Водородная связь, которая не является солевым мостиком Водородная связь, которая не является солевым мостиком (рис. 3), была найдена между E атомом азота остатка аргинина (номер 324) и A атомом кислорода (входит в состав пептидной связи) остатка аргинина (номер 171). Длина связи 3.04 ангстрема. Рис. 3. Водородная связь между остатком аргинина 324 и аргинина 328. Атомы выделены согласно их типу (красный – кислород, синий – азот, серый – углерод). Пунктирная линия обозначает возможную локализацию связи. Подпись рядом с ней – измеренная длина связи Дисульфидные мостики Третичная структура белка также часто поддерживается дисульфидными связями, образованными двумя остатками цистеина. Однако в белке AHBA synthase таких связей нет, поэтому рассмотрим такие связи на примере инсулина (идентификатор PDB 1AI0). Дисульфидные связи как бы "сшивают" вместе 6 цепей этого белка. Детальное изображение дисульфидного мостика представлено на рис. 4. Рис. 4. Дисульфидный мостик между цепями C и D инсулина. Расстояние между атомами серы 2.02 ангстрема. Остовые водородные связи Гидрофобные взаимодействия
Семестры Первый семестр Второй семестр Третий семестр Четвертый семестр
Обо мне
Ссылки