Практикум 2

Задание 1

Ниже приведены ссылки на файлы pdb:

-gatc-a

-gatc-b

-gatc-z

Задание 2

Цитозин. Красным помечены атомы, обращённые к малой бороздке.
Синим помечены атомы, обращённые к большой бороздке.
В сторону большой бороздки обращены атомы C6, C5, C4, N4
В сторону малой бороздки - атомы N1, C2, O2

Свойства различных форм двойной спирали ДНК
Параметр	А- форма	B-форма	Z-форма
Тип спирали	правая	правая	левая
Шаг спирали (ангстрем)	28.03	33.75	43.5
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки	7.98	17.91	15.17
Ширина малой бороздки	16.97	11.69	9.87

Изображение структуры ДНК разных форм. Цветом помечены цепи.

Задание 3

Торсионные углы

Торсионные углы тРНК

Торсионые углы ДНК

Наибольшее отклонение по альфа-углу в молекуле тРНК у 21-G нуклеотида.
Наибольшее отклонение по альфа-углу в молекуле ДНК у 6-А нуклеотида.
Значения торсионных углов тРНК больше похожи на значения А-формы ДНК.

Водородные связи в тРНК

В моей тРНК стебельки представлены следующими нуклеотидами из 1f7u.pdb:

1 (0.044) ....>B:.901_:[PSU]P-**--A[..A]:.972_:B<.... (0.003)
2 (0.003) ....>B:.902_:[..U]U-----A[..A]:.971_:B<.... (0.003)
3 (0.002) ....>B:.903_:[..C]C-----G[..G]:.970_:B<.... (0.003)
4 (0.002) ....>B:.904_:[..C]C-----G[..G]:.969_:B<.... (0.004)
5 (0.002) ....>B:.905_:[..U]U-*---G[..G]:.968_:B<.... (0.007)
6 (0.006) ....>B:.906_:[..C]C-----G[..G]:.967_:B<.... (0.007)
7 (0.004) ....>B:.907_:[..G]G-----C[..C]:.966_:B<.... (0.002)

8 (0.016) ....>B:.949_:[5MC]c-----G[..G]:.965_:B<.... (0.004)
9 (0.004) ....>B:.950_:[..C]C-----G[..G]:.964_:B<.... (0.008)
10 (0.002) ....>B:.951_:[..A]A-----U[..U]:.963_:B<.... (0.004)
11 (0.010) ....>B:.952_:[..G]G-----C[..C]:.962_:B<.... (0.006)
12 (0.005) ....>B:.953_:[..G]G-----C[..C]:.961_:B<.... (0.004)

15 (0.005) ....>B:.939_:[..C]C-----G[..G]:.931_:B<.... (0.005)
16 (0.005) ....>B:.940_:[..C]C-----G[..G]:.930_:B<.... (0.005)
17 (0.002) ....>B:.941_:[..A]A-----U[..U]:.929_:B<.... (0.002)
18 (0.006) ....>B:.942_:[..G]G-----C[..C]:.928_:B<.... (0.003)
19 (0.003) ....>B:.943_:[..A]A-**--P[PSU]:.927_:B<.... (0.045)
20 (0.004) ....>B:.944_:[..A]A-**--g[M2G]:.926_:B<.... (0.005)

21 (0.007) ....>B:.910_:[2MG]g-----C[..C]:.925_:B<.... (0.003)
22 (0.005) ....>B:.911_:[..C]C-----G[..G]:.924_:B<.... (0.008)
23 (0.004) ....>B:.912_:[..C]C-----G[..G]:.923_:B<.... (0.012)
24 (0.005) ....>B:.913_:[..C]C-**--C[..C]:.922_:B<.... (0.002)
25 (0.009) ....>B:.914_:[..A]A-**--U[..U]:.908_:B<.... (0.004)
26 (0.012) ....>B:.915_:[..A]A-**+-U[..U]:.948_:B<.... (0.004)
27 (0.015) ....>B:.918_:[..G]G-----C[..C]:.956_:B<.... (0.001)

Неканонические взаимодействия нуклеотидов* также представлены в данной молекуле:

1 (0.044) ....>B:.901_:[PSU]P-**--A[..A]:.972_:B<.... (0.003)
5 (0.002) ....>B:.905_:[..U]U-*---G[..G]:.968_:B<.... (0.007)
19 (0.003) ....>B:.943_:[..A]A-**--P[PSU]:.927_:B<.... (0.045)
20 (0.004) ....>B:.944_:[..A]A-**--g[M2G]:.926_:B<.... (0.005)
24 (0.005) ....>B:.913_:[..C]C-**--C[..C]:.922_:B<.... (0.002)
25 (0.009) ....>B:.914_:[..A]A-**--U[..U]:.908_:B<.... (0.004)
26 (0.012) ....>B:.915_:[..A]A-**+-U[..U]:.948_:B<.... (0.004)

*Примечание. A-U взаимодействия, представленные в таблице выше,
не являются каноничными из-за различий в атомах, которые взаимодействуют.
В строке 25 водороная связь образуется между OP2* и O4, а в 26 строке-
N6 - O2.

Водородные связи, обеспечивающие третичную структуру:

13 (0.003) ....>B:.954_:[5MU]t-**--a[1MA]:.958_:B<.... (0.005)
14 (0.044) ....>B:.955_:[PSU]P-**+-G[..G]:.917_:B<.... (0.006)
25 (0.009) ....>B:.914_:[..A]A-**--U[..U]:.908_:B<.... (0.004)
26 (0.012) ....>B:.915_:[..A]A-**+-U[..U]:.948_:B<.... (0.004)
27 (0.015) ....>B:.918_:[..G]G-----C[..C]:.956_:B<.... (0.001)