В сторону большей бороздки явно обращены атомы: C3:A.C5, С3:A.C6 В сторону малой бороздки обращены атомы: С3:A.N1, С3:A.C2, С3:A.N3, С3:A.O2
Далее приведена таблица с итогами сравнения параметров различных форм предложенных нам экспериментальных ДНК (для измерения параметров Z-формы была использована сгенерированная структура).
| А-форма | В-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали (Å) | 29.19 Å | 36.67 Å | 43.5 Å |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой борозды | 15.79 Å (7:A.P-11:B.P) | 16.44 Å (4:A.P-17:B.P) | 18.3 Å (10:A.P- 28:B.P) |
| Ширина малой борозды | 11.36 Å (3:A.P-6:B.P) | 9.99 Å (8:A.P- 21:B.P) | 9.87 Å (9:A.P- 36:B.P |
Структура для исследования (PDB): 1ffy - изолейцил-тРНК синтетаза Staphylococcus aureus в комплексе с тРНК и мупироцином.
С помощью с помощью инструментов пакета 3DNA были получены значения торсионных углов, с результатами можно ознакомиться по ссылке. Для сравнения данных углов с типичными значения торсионных углов ДНК, было получено среднее значение каждого типа угла, результаты представлены в таблице 2.
| # | α | β | γ | δ | ε | ζ | χ |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| тРНК | -30,132203 | 35,2542373 | 39,825 | 85,46 | -131,98667 | -52,33 | -123,70833 |
| А-форма ДНК | 62 | 173 | 52 | 88/3 | 178 | -50 | -160 |
| В-форма ДНК | 63 | 171 | 54 | 123/131 | 155 | -90 | -117 |
При сравнении торсионных углов можно сделать вывод, что только угол ζ тРНК имеет близкое значение с такими же углом А-формы ДНК.
Водородные связи тРНК были определены с помощью программы analyze, с результатами выдачи можно ознакомиться по ссылке.
Программа analyze определила 10 не Уотсон-Криковских (неканонических) взаимодействий между основаниями, в выдаче они отмечены знаком ‘*’ (интересно, что программа определила некоторые G-C и A-U как неканонические. Скорее всего они являются Хугстиновскими парами оснований [1]):
5U-68G, 49G-65U, 54U-58A, 55U-18G, 36U-33U, 38A-32C, 44A-26G, 14A-8U, 15G-48C, 16G-17U
Дополнительные водородные связи:
54U–58A, 55U–18G, 36U–33U, 14A–8U, 15G–48C, 16G–17U, 19G–56C
С данными о величине площади перекрывания 2-х последовательных пар азотистых оснований тРНК можно ознакомиться по ссылке. Максимальным значением характеризуется пара: G3-C70/G2-C71. (секция: 2 – величина: 11.95. Наименьшим ненулевым значением характеризуется пара: G10- C25/ A44-G26 (секция: 22 – величина: 1.56).
