Классификация функций. Коды ферментов.

С помощью сайта IUPAC найдено значение кода фермента: 1.3.3.1.

EC 1.Фермент oксидоредуктаза. Оксидоредуктазы - класс ферментов, катализирующих окислительно-восстановительные реакции. Оксидоредуктазы играют важную роль в обеспечении клеток энергией.
EC 1.3 Действует на СН-СН связи, которые являются донорами электрона.
EC 1.3.3 Кислород выступает в роли акцептора электрона.
EC 1.3.3.1 Дегидрогеназа(оксидаза) дигидропиримидинкарбоксиловой(родицоновой) кислоты (дигидрооротата).
```
 Реакция: (S)-dihydroorotate + O2 = orotate + H2O2.
```
Название по систематике: (S)-дигидрооротат:кислород оксидоредуктаза.

Сравнение последовательности ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов

C помощью SRS найдены в UniProt ферменты из 3-х хорошо изученных модельных организмов - кишечной палочки Escherichia coli K-12, археи Methanococcus jannaschii и человека.

Запрос выглядел так:

     
      (((([uniprot-ID:*_Ecoli*] | [uniprot-ID:*_Human*]) |  [uniprot-ID:*_Metja*]) & [uniprot-ECNumber:1.3.3.1*]) &  [uniprot-GeneName:*])

По полученным данным в протоколе создана таблица такого вида:

Сравнение доменной структуры ферментов из далеких организмов

	UniProt ID	UniProt AC	Имя гена	Домен
	UniProt ID	UniProt AC	Имя гена	Идентификатор Pfam	Положение в последовательности
1	PYRD_ECOLI	P0A7E1	PYRD	PF01180	47-336
2	PYRD_HUMAN	Q02127	DHODH	PF01180	77-377
3	PYRD_METJA	Q58070	PYRD	PF01180	5-290

С использованием встроенных в SRS программ(а именно было использовано NeedleP), были получены попарные выравнивания:

Выравнивание PYRD_ECOLI и PYRD_HUMAN

Выравнивание PYRD_ECOLI и PYRD_METJA

Выравнивание PYRD_METJA и PYRD_HUMAN

Таблицa, отражающая попарное сходство доменов:

PYRD_HUMAN PYRD_ECOLI PYRD_METJA

PYRD_HUMAN 100

PYRD_ECOLI 43.3 100

PYRD_METJA 28.9 27.5 100

 
В данном случае приводятся проценты идентичности доменов.
Можно заметить, что процент невысок, то есть структура доменов у трех организмов неодинакова, 
что, как видно, не влияет на его функцию, однако, важно заметить, что организмы очень далекие, 
а значит данной идентичности достаточно.