Описание свойств Флаводоксина 1 в производных базах данных.

PROSITE-это база данных семейств белков и доменов.Она состоит из биологически значимых сайтов, паттернов и профилей, которые помогают достоверно определить, к какому известному семейству белков (если вообще таковое имеется) принадлежит новая последовательность. Эта база данных основана на наблюдении, что, несмотря на то, что существует огромное количество различных белков, большинство из них могут быть сгруппированы по проинципу сходства их последовательностей в ограниченное число семейств. Белки или домены белков, принадлежащих определённому семейству, обычно имеют сходные функции и являются производными одного общего предка. При изучении семейств последовательностей становится очевидно, что некоторые участки сохранились в неизменном виде лучше,чем другие в процессе эволюции. Эти участки обычно важны для функции белка и/или для поддержания его пространственной (3D) структуры. Анализируя постоянные (не меняющиеся) и не постоянные свойсва таких групп сходных последовательностей, возможно получить подпись для белкового семейсва или домена, которая отделяет его членов от всех других посторонних белков. Аналогичный процесс-это использование отпечатков пальцев полицией в целях идентификации. Отпечатки пальцев обычно очень важны для иднтификации отдельного индивидуума.Сходным образом, подпись белка может быть использована для отнесения нового секвенированного белка к специфичному семейству белков и таким образом можно сделать предположение о его функции. PROSITE содержит паттерны и профили, специфичные для более, чем тысячи белковых семейств или доменов. Каждая из этих этих подписей сопровождается документацией, предоставляющей дополнительную информацию о структуре и функциях этих белков.

Pfam-это большая коллекция множественных выравниваний последовательностей и скрытых Марковых моделей, охватывающая множество сходных белковых доменов и семейств. Для каждого семейства в Pfam можно:
-посмотреть множественное выравнивание;
-посмотреть архитектуру доменов белка;
-посмотреть принадлежность к разным организмам;
-пойти по ссылкам в другие базы данных;
-посмотреть известную структуру белков.
Pfam может быть использован для просмотра организации доменов в белке.Пример показан ниже. Важно, что один белок может принадлежать нескольким Pfamовским семействам.

Pfam состоит из двух частей:первая-это курируемая часть, содержащая белковые семейства. Чтобы сделать Pfam исчерпывающей в плане известных белков, создано автоматически генерируемое приложение Pfam-B, которое содержит огромное количество маленьких семейств взятых из базы данных PRODOM, которая не пересекается с Pfam-A. Хотя Pfam-B содержит семейства более низкого качества, он может быть полезен, когда в Pfam-A никаких семейств не нашлось.
Pfam содержит множественные выравнивания и профили-HMM этих семейств.
Функции Pfam:
InterPro-это база данных белковых семейств, доменов и функционаоьных сайтов, в которой известные свойства, обнаруженные в известных белках могут быть приложены к последовательностям неизвестных белков. InterPro-это интегрированный ресурс документаций по белковым семействам, доменам и сайтам. InterPro сочетает несколько баз данных, которые используют различные методы и разный уровень биологической информации по хорошо охактеризованным белкам, чтобы извлечь подписи белков. Объединяя базы данных, InterPro акцентируется на их индивидуальных преимуществах (плюсах), создавая тем самым мощный интегрированный инструмент.

Задачи:
  1. В базе данных PROSITE найти известные мотивы последовательности Флаводоксина 1.На основании одного из найденных паттернов построить произвольную, идеально удовлетворяющую этому паттерну последовательность. Результаты этого задания можно увидеть на странице:
    "Мотивы в аминокислотной последовательности";
  2. C помощью Pfam определить, какие домены есть в моём белке, а потом посмотреть расположение этих доменов в пространственной структуре белка с помощью программы Rasmol. Результаты этого задания-на странице:
    "Доменная структура";
  3. Cравнить результаты исследования с помощью PROSITE и с помощью Pfam.
  4. Изучить свойства белка с помощью InterPro. Результаты-на странице:
    "Данные InterPro".