Вирус Torque teno sus virus 1a

Вирус Torque teno sus virus 1a относится к ssDNA вирусам, то есть носителем его генетической информации является одноцепочечная ДНК (у данного вируса - негативной полярности).
Torque teno sus virus 1a относится к семейству Anelloviridae. Его хозяевами могут быть коты, собаки и свиньи, однако другие представители этого семейства могут заражать и людей.

В базе данных RefSec запись с геномом вируса имеет идентификатор NC_014070. В ней представлена последовательность полного генома вируса, которая имеет длину 2878 п.н.

Описание генов вируса

Генетическая информация вируса Torque teno sus virus 1a содержится в одной кольцевой одноцепочечной молекуле ДНК.
Всего в геноме вируса есть 3 гена, которые кодируют 3 белка (в базе данных NCBI эти белки обозначены как гипотетические). Информацию о генах и их продуктах можно посмотреть в таблице 1. Расположение генов в геноме представлено на рисунке 1.

Таблица 1. Гены и их продукты в геноме вируса Torque teno sus virus 1a (идентификатор NC_014070)
№	Начало в геноме	Конец в геноме	Направление	Длина гена (в п.н.)	Идентификатор белка	Длина белка (в а.о.)
1	430...647 и 2031...2487		Прямое	675	YP_003587829.1	224
2	430	651	Прямое	222	YP_003587830.1	73
3	534	2441	Прямое	1908	YP_003587831.1	635

Рисунок 1. Расположение генов в геноме вируса Torque teno sus virus 1a (идентификатор NC_014070). Представлен полный геном (координаты 1...2878). Рисунок получен с помощью геномного браузера сайта NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Рисунок в более крупном размере по ссылке.

Все три гена в геноме вируса перекрываются. Из-за того, что геном вируса довольно небольшой (2878 п.н.), приходится размещать гены компактно, используя разные рамки считывания. Это можно увидеть на рисунке 2.
Одна из особенностей генома вируса Torque teno sus virus 1a - наличие двух генов, начинающихся с одного старт-кодона. Однако один из них заканчивается на 651 нуклеотиде, а транскрипция вторго прерывается в этом месте, но возобновляется с 2031 нуклеотида. Можно предположить, что обычно транскрибируется один из генов, но при некоторых условиях начинается транскрипция другого гена.
Более подробно данный участок генома можно рассмотреть на рисунке 2.

Фрагмент генома с перекрывающимися генами

Рисунок 2. Фрагмент генома вируса Torque teno sus virus 1a (идентификатор NC_014070). На рисунке изображены три перекрывающихся гена, а также последние кодоны одного из них. Координаты демонстрируемого участка: 627...666. На рисунке представлена последовательность ДНК и аминокислотные остатки, соответствующие триплетам нуклеотидов. Рисунок получен с помощью геномного браузера сайта NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Рисунок в более крупном размере по ссылке.