Второй семестр

Ссылки на все выполненные практикумы находятся в меню слева.

Первый блок посвящен работе с программой Jmol и изучению пространственных структур белков. На странице практикума 1 представлены различные изображения структуры белка (остовная, шаро-стержневая, картонная, в виде ван-дер-ваальсовых радиусов), а также элементы вторичной структуры белка.
В практикуме 2 изучалось гиброфобное ядро белка, плотность упаковки атомов в гидрофобном ядре. Кроме этого мы исследовали ДНК-белковые комплексы и структуру молекулы ДНК (характеристики поверхности, водородные связи между азотистыми основаниями).
Водородные связи между белком и молекулой ДНК изучались в практикуме 3. В этом практикуме также измерялась подвижность различных атомов в ЯМР-структуре.

Во втором блоке мы изучали базы данных о белках: UniProt, RefSeq Proteins, PDB, а также PubMed. Выполненные практикумы представлены в меню слева. Для выполнения задания по поиску в базах данных я выбрала тему 2 (белки, содержащие пирролизин).

Третий блок посвящен изучению выравниваний (множественных и парных), работе с BLAST и PSI-BLAST для поиска гомологичных последовательностей и семейств белков. Также мы использовали Pfam для изучения семейств белковых доменов и производили поиск по паттерну.