Я моделировал эволюцию гена белка FumC_ECOLI, исходя из следующей скобочной структуры:
((A:70,B:70):90,((C:50,D:50):10,(E:40,F:40):20):30);
Для получения мутантных последовательностей использовалась программа msbar пакета EMBOSS. Использовался следующий скриптовый файл:
msbar FumC_ECOLI.embl 1.fasta -point 4 -count 421 -auto
msbar FumC_ECOLI.embl 2.fasta -point 4 -count 1265 -auto
msbar 1.fasta 3.fasta -point 4 -count 140 -auto
msbar 1.fasta 4.fasta -point 4 -count 281 -auto
msbar 2.fasta A.fasta -point 4 -count 983 -auto
msbar 2.fasta B.fasta -point 4 -count 983 -auto
msbar 4.fasta C.fasta -point 4 -count 702 -auto
msbar 4.fasta D.fasta -point 4 -count 702 -auto
msbar 3.fasta F.fasta -point 4 -count 562 -auto
msbar 3.fasta E.fasta -point 4 -count 562 -auto