Эволюционная модель

Суть эволюционной модели состоит в мутации нуклеотидной последовательности белка Succinate Dehydrohenase Iron-Sulphur Protein из E.coli (EMBL:X01070) с помощью программы msbar пакета EMBOSS. Была дана следующая скобочная структура: (A:100,(B:60,(((C:15,D:15):30,E:45):10,F:55):5):40);. Делением чисел из этой структуры на 100 и домножением на 961 (длину исходной последовательности) была получена следующая структура: (A:961,(B:577,(((C:144,D:144):288,E:432):96,F:529):48):384);. Числа этой структуры отражают число мутаций по всей последовательности. Ниже приведена схема эволюции.

Использовавшийся скрипт:

$ msbar x01070.fasta A.fasta -point 4 -count 961 -auto
$ msbar x01070.fasta ab.fasta -point 4 -count 384 -auto
$ msbar ab.fasta B.fasta -point 4 -count 577 -auto
$ msbar ab.fasta bf.fasta -point 4 -count 48 -auto
$ msbar bf.fasta F.fasta -point 4 -count 529 -auto
$ msbar bf.fasta fe.fasta -point 4 -count 96 -auto
$ msbar fe.fasta E.fasta -point 4 -count 432 -auto
$ msbar fe.fasta cd.fasta -point 4 -count 288 -auto
$ msbar cd.fasta C.fasta -point 4 -count 144 -auto
$ msbar cd.fasta D.fasta -point 4 -count 144 -auto

Анализ модели