Кофермент UVRB_BACSU

Коферментом UVRB_BACSU является АДФ (аденозин-5'-дифосфат). Он непостоянно присутствует в центре аллостерической регуляции UVRB_BACSU. Аллостерическим активатором UVRB_BACSU является АТФ, а аллостерическим ингибитором - АДФ.

Рисунок 1. АДФ в центре аллостерической регуляции UVRB_BACSU. АДФ показан структурной формулой. Модель поверхности UVRB_BACSU показана полупрозрачным коричневым цветом.

Относительный размер кофермента UVRB_BACSU

Рисунок 2. Размеры UVRB_BACSU. Приблизительный размер UVRB_BACSU: 90 × 68 × 53 Å.

Рисунок 3. Размеры АДФ. Приблизительный размер АДФ: 9 × 8 × 4 Å.

Зная приблизительные размеры UVRB_BACSU и АДФ, можно вычислить относительный размер кофермента UVRB_BACSU. Таким образом, кофермент UVRB_BACSU в (90 × 68 × 53) / (9 × 8 × 4) = 1126,25 раз меньше UVRB_BACSU.

Область контакта UVRB_BACSU с коферментом

Рисунок 4. Область контакта UVRB_BACSU c АДФ.

Рисунок 5. Взаимодействие АДФ с аминокислотными остатками центра аллостерической регуляции UVRB_BACSU и с молекулами воды. АДФ и аминокислотные остатки показаны структурными формулами. Молекулы воды показаны зелёными шариками. Таким образом, АДФ взаимодействует с четырьмя аминокислотными остатками (тирозина, глутамина, глицина и аргинина) и с двумя молекулами воды.
Информация о количестве структур, с которыми взаимодействует АДФ, получена такой командой Jmol:

select within (3, 662) and (arg.ne or arg.nh1 or arg.nh2 or lys.nz or his.nd1 or his.ne2 or asp.od1 or asp.od2 or glu.oe1 or glu.oe2 or *.n or *.o)

Рисунок 6. Схема взаимодействия АДФ с аминокислотными остатками центра аллостерической регуляции UVRB_BACSU и с молекулами воды.
Атомы водорода, участвующие в образовании водородной связи, показаны синим цветом.
Атомы кислорода, участвующие в образовании водородной связи, показаны красным цветом.
Молекулы воды показаны зелёным цветом. Показана L-стереоизомерия аминокислотных остатков.

Просмотреть скрипт, которым получены в Jmol рисунок 1, рисунок 4 и рисунок 5

Литература:

О коферментах в WikipediA

Об АДФ в WikipediA

О UVRB_BACSU в Protein Data Bank Наверх