Название и краткое описание системы секреции к которой принадлежит белок P45760
При использовании сервиса UniProt для белка P45760 определено, что он принадлежит к секреторной системе бактерий II типа. Как видно на Рис.1 по данным KEGG этот белок является транспортным в этой системе.
Рисунок 1. Схема системы секреции в которой участвует белок P45760 (ген GspI), на схеме обозначен красным.
Определение и описание терминов GO присущих этому белку.
По данным Uniprot для этого белка присущи 3 термина GO. Полное их описание представлено в Таблице 1.
| Тип процесса | Термин | Перевод термина | Диаграмма связей термина |
| Biological_process | protein secretion by the type II secretion system | секреция белка второй секреторной системой |  |
| Cellular_component | type II protein secretion system complex | комплекс второй секреторной системы |  |
| Molecular_function | protein transporter activity | активность белкового транспортера |  |
Таблица 1. Описание терминов GO присущих белку P45760.
Описание функциональной роли белка P45760 в системе
Согласно данным SEED и KEGG (см. Рис.1) функциональная роль этого белка: быть вовлеченным в экспорт белка через II секреторную систему, при этом сам белок находится в комплексе во внутренней мембране.
Устройство окружения гена белка P45760
При помощи сервиса SEED получено устройство окружения белка P45760 в геномах гомологичных организмов. Результат представлен на Рис.2. Получено выравнивание гомологов в формате clustal и Jalview, само выравнивание представленно на Рис.3.
Рисунок 2. Схема окружения белка P45760 (ген GspI, на Рисунке обозначен цифрой 1, красная стрелка) в гомологичных геномах. Отбор проводился при размере окна в 30000 bp и количестве геномов в 50. E-value установлено в 1e-6. Похожие геномы свернуты.
Рисунок 3. Множественное выравнивание рассматриваемых ортологов. Визуализация в Jalview: раскрашивание цветовой схемой clustalw по идентичности (порог 30%).
Далее на основе данных об окружении составлена сводная таблица. Как видно из таблицы наиболее встречаемы ортологи второй группы, т.е. General secretion pathway protein H, что обусловленно наблюдаемой дупликацией гена этого белка в геномах. Остальние гены белков секретационного пути представленны равномерно в окружении нашего гена (GspI).
Выводы
Гены из рассматриваемой окресности, принадлежащие подсистеме, представлены почти во всех рассмотреных геномах, при этом идут в одном и том же порядке и ориентации (иногда возможны исключения).
Так же наблюдается колокализация генов из других подсистем, как правило функционально смежных.
Замечено, что при возрастании удалеия от определенного гена с колокализацией общая наблюдаемая колокализация исчезает во многих организмах.
Биологическая роль колокализации генов подсистемы позволяет осуществлятся белковому синтезу организвованно и направленно, для облечнения сборки и сущетвования белковых ситсем, в которые входят продукти генов подсистем.
На основе всех полученных данных можно сделать вывод о том, что наблюдается колокализация генов белков принимающих участве в организации выделительной системы клетки. Причем колокализация организованна на основе последующей функциональной локализации кодируемых белков.