Гидрофобные кластеры в структуре белка
С помощью Clud были найдены гидрофобные кластеры в цепи A структуры 1XTM; порог расстояния был взят равным 4.35 Å. Выдача представлена файлами 1xtm.txt 
и 1xtm.rsc . На рисунке 1 представлены 2 самых больших из найденых кластеров. Жёлтый кластер, как и должно быть, лежит начинкой внутри β-бочки, синий, как ни странно, расположен в петлях.
Рисунок 1. Гидрофобные кластеры 1XTM:A. В жёлтом ядре 86 атомов, в синем - 31. Структура показана в 2 проекциях.
Гидрофобные кластеры на интерфейсе двух цепочек
Зная, что белок 1XTM для выполнения биологической функции димеризуется, был проведён поиск гидрофобных кластеров в димере. На рисунке 2 представлен найденный (c теми же параметрами) гидрофобный кластер на стыке двух цепей 1XTM.
Рисунок 2. Гидрофобный кластер на интерфейсе цепей A и B структуры 1XTM. В ядре 55 атомов. Структура показана в 2 проекциях.