Мотивы, паттерны и профили

• Создание паттернов аминокислотных последовательностей

  В предыдущей работе я получил множественное выравнивание. (файл msf, картинка). Далее я выбрал фрагмент выравнивания длиной 19 а.о. для дальнейшего исследования.(файл msf)

Для выбранного фрагмента множественного выравнивания попытаюсь составить 3 паттерна. Результаты представлены в таблице 1.

Таблица 1. Результаты поиска последовательностей банка Swiss-Prot, включающих мотивы, соответствующие каждому из полученных паттернов

Характеристика паттерна	Паттерн	В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну?	Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
Фрагмент последовательности	GAMDAGNMLKPALAGELH	23	Нет
Сильный	[G]-X(2)-[DA]-X(3)-[LKP]-X-[LARGEL]-X	129	Да
Слабый	[DA]-X(3)-[LKP]-X-[LARG]	4183	да

Сильный паттерн я сделал, заменив не совпадающие а.о. на X. Слабый получилось сделать,только убрав по 3 позиции с каждого из концов.

• Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке clpB_Ecoli

  В таблице 2 представлены все мотивы в последовательности моего белка , описанные в PROSITE.