Занятие 14: Контакты в структуре белка
Примеры разных контактов в молекуле белка CDD_BACSU

Гидрофобные контакты остатков фенилаланина

Пример гидрофобного контакта

С помощью скрипта получили изображение фенилаланина и его гидрофобных контактов.

Изображение фенилаланина и гидрофобных контактов

Затем выбрали остаток фениаланина с наибольшим числом гидрофобных контактов и создали его изображение.

Для рассмотрения мы выбрали следующие остатки: VAL26:B, PHE24:B, PHE125:A, LEU130:A

Val26, Phe24, Phe125, Leu130

Val26, Phe24, Phe125, Leu130

Изображения в оригинальном размере: (1), (2), (3).

Примеры водородных связей между боковыми группами

По аналогичной схеме нашли примеры водородных связей. Сначала рассмотрели случай, когда и донором, и акцептором водорода являются атомы кислорода.

С помощью того же скрипта получаем следующие изображения.

Атомы кислорода, участвующие в образовании водородных связей

Измерение расстояния между атомами кислорода остатков Glu5 и Asn2

Затем рассмотрели случай, когда и донором, и акцептором являются атомы азота. Получаем с помощью скрипта следующее.

Атомы азота, участвующие в образовании водородных связей

К сожалению, найти примеры водородных связей между боковыми группами двух атомов аминокислот, когда и донором, и акцептором являются атомы азота, не удаётся. Поэтому рассмотрим водородную связь между остовными атомами азота.

Атомы азота, участвующие в образовании водородных связей

Пример дисульфидного мостика

Файл структуры инсулина можно найти, например, здесь. После выполнения команды ssbonds RasMol сообщает нам, что в инсулине 6 дисульфидных мостиков:

Количество S-S мостиков 6

Нетрудно получить следующие изображения.

Изображение дисульфидных мостиков в инсулине (1)

Изображение дисульфидных мостиков в инсулине (2)

В исследуемом белке CDD_BASCU дисульфидные мостики отсутствуют:

Количество S-S мостиков 0

Описание контактов белка с лигандом

С помощью скрипта получаем следующие изображения.

Лиганды в молекуле белка

Один из лигандов белка

Один из лигандов белка и близкие к нему атомы

Контакты лиганда с белком CDD_BASCU

С помощью того же скрипта получаем следующие изображения.

Исследование контактов лиганда (1)

Исследование контактов лиганда (2)

Самое маленькое расстояние между атомами лиганда и атомами белка - 2.42 Å (с атомом цинка):

Исследование контактов лиганда (3)

Исследование контактов лиганда (4)

Исследование контактов лиганда (5)

Исследование контактов лиганда (6)

Исследование контактов лиганда (7)

Изображения в оригинальном размере: (1), (2), (3), (4), (5), (6), (7).

Ссылки

1. Структура белка в формате .pdb.
2. Структура инсулина в формате .pdb.
3. Скрипт для генерации изображений, иллюстрирующих примеры различных контактов в белке CDD_BACSU, в формате .spt.
4. Скрипт для генерации изображений, иллюстрирующих контакты белка CDD_BACSU с лигандом, в формате .spt.