Рисунок 1. Низкомолекулярный фрагмент(T2V) и окружающие его остатки. Pymol сессия
PDBID:5REN
В данном задании рассматривается структура основной протеазы SARS-CoV-2 в комплексе с низкомолекулярным фрагментом PCM-0102425. Данная структура была получена в ходе работы консорциума PanDDA. На картинке показан низкомолекулярный фрагмент и окружающие его остатки. Изображены возможные водородные связи между атомами азота белка и кислородом фрагмента и стекинг-взаимодействие.
Рисунок 1. Низкомолекулярный фрагмент(T2V) и окружающие его остатки. Pymol сессия
PDBID:5AKR, 1NIB
В данном задании рассматриваются две различные по качеству структуры бактериальной оксидредуктазы. Хочется отметить, что при включении отображения "sticks" на структуре 5AKR становятся видны водороды, в то время как на стрруктуре 1NIB этого не происходит. Это наводит на мысль о более высоком разрешении структуры 5AKR, позволяющем предположить положение атомов водорода. Для сравнения электронный плотности в двух структурах был выбран небольшой участок с 35 по 48 аминокислотный остаток. Отображение электронной плотности 5AKR с помощью mesh округлое и плавное, плотно покрывает sticks отобржение белка. Электронная плотность 1NIB куда более угловатая, хуже покрывает белок. Разршение структур подтверждают наши предположения: 5AKR:0.87Å, 1NIB:2.7Å
Рисунок 2. Фрагмент 5AKR с отображением элекронной плотности mesh. Уровень подрезки = 1. Carve = 1.
Рисунок 3. Фрагмент 1NIB с отображением элекронной плотности mesh. Уровень подрезки = 1. Carve = 1.7.
PDBID:5REN
В данном заднии была построена серия mesh-ей электронной плотности вокруг остова структуры 5REN. Остов был покрашен градиентом по b-фактору(с максимумом 60), поскольку можно предположить связь подвижности элементов белка с электронной плотностью. Красным цветом отображены наиболее подвижны части белка, зеленым цветом наименее подвижные. При увеличении уровня подрезки электронная плотность исчезает с наиболее подвижных участков, при дальнейшем увеличении уровня подрезки электронная плотность остается только на самых малоподвижных участках белка.
Рисунок 4.1. Остов 5REN с отображением элекронной плотности mesh. Уровень подрезки = 1. Carve = 2.
Рисунок 4.2. Остов 5REN с отображением элекронной плотности mesh. Уровень подрезки = 2. Carve = 2.
Рисунок 4.3. Остов 5REN с отображением элекронной плотности mesh. Уровень подрезки = 3. Carve = 2.
PDBID:5REN
В данном задании мы рассматриваем электронную плотность вокруг низкомолекулярного фрагмента в 5REN(T2V). Построим серию mesh-ей с уровнями подрезки 1, 2 и 3. При уровне подрезки 1 электронной плотностью покрыты не все атомы, при увеличении уровня подрезки до 2 покрытыми электронной плотностью остаются атомы кислорода и серы, а при уровне подрезки 3 ни один из атомов низкомолекулярного фрагента не покрыт электронной плотностью. Плохое покрытие электронной плотностью можно объяснить высокой подвижность фрагмента. Дольше всего остаются покрытыми атомы серы и кислорода, что может быть связано с тем, что они имеют большее число электронов.
Рисунок 5.1.Низкомолекулярный фрагмент 5REN с отображением элекронной плотности mesh. Уровень подрезки = 1. Carve = 1.
Рисунок 5.2.Низкомолекулярный фрагмент 5REN с отображением элекронной плотности mesh. Уровень подрезки = 2. Carve = 1.
Рисунок 5.3.Низкомолекулярный фрагмент 5REN с отображением элекронной плотности mesh. Уровень подрезки = 3. Carve = 1.
© Simon Konnov 2017-2020