Для выполнения задания я взяла белок Q3SXS7 с двумя идентификаторами RefSeq - XP_006521491.1 и XM_006521428.1. Это белок мыши, который еще называют рецептором фактора некроза опухоли, или рецептором смерти. Их взаимодействие с факторами некроза опухоли и адаптерными белками приводит к апоптозу клетки.
В результате нескольких итераций работы программы PSI BLAST с поиском по базе данных RefSeq и порогом на E value 0.005, были получены данные, отображенные в таблице 1.
| Номер итерации | Число находок выше порога (0,005) | Идентификатор худшей находки выше порога | E-value этой находки | Идентификатор лучшей находки ниже порога | E-value этой находки |
| 1 | 76 | XP_005422009.1 | 0.002 | XP_004481317.1 | 0.015 |
| 2 | 86 | XP_005598965.1 | 8e-04 | - | - |
| 3 | 82 | XP_004484190.1 | 3e-06 | - | - |
| 4 | 87 | XP_004484190.1 | 2e-07 | - | - |
Таблица 1
Для выполнения второй итерации я не учитывала все белки низкого качества, с покрытием не выше 20% и последний с резким отличием в E-value.
После второй итерации я опять исключила все белки низкого качества. Последовательностей с покрытием не выше 20% не оказалось. Интересным результатом было то, что после втрой итерации не нашлось последовательностей, которые бы выравнивались с исходной, но имели E-value выше порога. Сохраненная страница с результатами итерации
В результате третьей итерации появилось всего 2 новых последовательности белков, но оба были плохого качества и были исключены мной. «Плохих» выравниваний вновь не оказалось. Сохраненная страница с результатами итерации
В результате четвертой итерации были найдены несколько новых последовательностей, но все они соответствовали общему шаблону PREDICTED: tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C, но для разных организмов. И опять не оказалось значительных выравниваний с E value выше порога. Сохраненная страница с результатами итерации
Идентификатор худшей находки выше порога после третьей и четвертой итерации остался одним и тем же, количество в результате всех 4 итераций колебалось не сильно, E value худшей находки только уменьшалось, хотя в последние 2 раза незначительно и я решила, что результат достаточно стабилизировался. Вы можете скачать проект JalView и файл в формате fasta с множественным выравниванием последовательностей, полученных в ходе 4 итерации. Вы также можете просмотреть выравнивание, покрашенное ClustalX с помощью JalView на рис. 1.
Рис.1 Множественное выравнивание последовательностей, полученных в результате четвертой итерации