Цель практикума — познакомиться с устройством банка данных белков UniProt.
Поиск общей информации состоял из двух частей. Первым шагом было изучение таблицы белка базы данных UniProt. Для этого на сайте UniProt в разделе Retrieve/ID mapping необходимо ввести PDB ID (1P9G) белка и в пункте "selection options" выбрать From PDB To UniProtKB.
После перехода на страницу записи к адресу можно добавить .txt для просмотра таблицы данных. Результаты представлены в таблице ниже:
| Характеристика | Значение | Поле |
|---|---|---|
| Раздел UniProt | Swiss-Prot | DT |
| UniProt ID | EAP2_EUCUL | DE |
| UniProt AC | P83597 | AC |
| EMBL AC нуклеотидной записи | - | DR |
| PDB ID | 1P9G; 1P9Z | |
| Длина в аминокислотных остатках | 41 | SQ |
| Молекулярная масса | 4186 Да | |
| Рекомендуемое название | Antifungal peptide 2 | DE |
Белок состоит из одной цепи и содержит альфа-спираль, 310-спираль и антипараллельный бета-слой. При этом в белке много поддерживабщих структуру связей, а длина составляет всего 41 аминокислоты. Так, в белке присутствует пять дисульфидных мостов, прочно фиксирующих белковые структуры. Кроме того, в 310-спирали присутствуют нестандартные водородные связи, что должно быть описано в одной из предыдущих работ.
Такие структурные особенности могут быть обусловленны тем фактом, что белок репрезентативный, а его функция — защита растения Eucommia ulmoides (белок выделен из коры) от фитопатогенов, представленных некоторыми видами грибов, чем обусловлена его хитин-расщепляющая активность. Во внешней среде выгодны небольшой размер и усиленная стабилизация структуры.
Для нахождения кластеров можно воспользоваться представленным в пунке 1 способом, выбрав в "selection options" From UniProtKB To UniRef[X], где X соответствует 50, 90 или 100. Предварительно необходимо ввести найденный в таблице (см. пункт 1) идентификатор. В данном случае это EAP2_EUCUL или P83597.
| ID | Размер | Название кластера |
|---|---|---|
| UniRef100_P83597 | 1 | Antifungal peptide 2 |
| UniRef90_P83597 | 2 | |
| UniRef50_P83597 | 2 |
| Поиск по названиюю белка | ||
|---|---|---|
| Текст запроса | Всего белков | Reviewed (Swiss-Prot) |
| Без ограничений | ||
| name:"antifungal peptide 2" | 2 | 1 |
| Организм (species) | ||
| name:"antifungal peptide 2" taxonomy:"eucommia ulmoides" | 1 | 1 |
| Cемейства (familia) | ||
| name:"antifungal peptide 2" taxonomy:eucommiaceae | 1 | 1 |
| Oтдела (Magnoliopsida, no rank) | ||
| name:"antifungal peptide 2" taxonomy:magnoliopsida | 2 | 1 |
| Поиск гомеобоксов | ||
|---|---|---|
| Текст запроса | Всего белков | Reviewed (Swiss-Prot) |
| Без ограничений | ||
| name:homeobox | 101867 | 1398 |
| Fungi | ||
| name:homeobox taxonomy:fungi | 6752 | 18 |
| Vertebrata | ||
| name:homeobox taxonomy:vertebrata | 55571 | 996 |
| Поиск по трипсину | ||
|---|---|---|
| Текст запроса | Всего белков | Reviewed (Swiss-Prot) |
| Без ограничений | ||
| name:trypsin | 29929 | 320 |
| Без ингибиторов трипсина | ||
| name:trypsin NOT name:inhibitor | 24960 | 104 |
Примечательно, что первая загрузка состоялась ещё 27 июня 2003 года. С тех пор (до 11 декабря 2019 года) было загружено 76 вариантов, причём можно проследить изменение системы записи номеров за всё это время, начиная с 41.14 и заканчивая 2019_11 с промежуточным форматом формы 1.1/42.8. В PDB запись впервые появляется 1 июня 2004, обновляется намного реже, но нынешняя версия от 25 декабря 2019 года актуальнее.