Информация о белке 1ZVV

Вся информация о белке CRH содержится на следующих страницах:

Краткая информация о белке CRH с идентификатором SwissProt: CRH_BACSU
Сравнительный анализ белков-ортологов CRH из разных видов бактерий рода Bacillus
Внутримолекулярные взаимодействия в структуре белка CRH из PDB-файла с идентификатором 1ZVV
Описание области контакта белка и ДНК в структуре из PDB-файла с идентификатором 1ZVV

На данной странице приводятся результаты и обсуждения сравнительного анализа информации о белках-ортологах CRH из разных видов бактерий рода Bacillus

Информация о белках была получена при помощи команды entret.
Чтобы получить все записи обо всех ортологах CRH из рода Bacillus, в запросе к базе данных была использована маска * т.е. запрос выглядел так: sw:crh_bac*
В результате поиска было найдено всего два родственных белка: CRH из Bacillus subtilis и CRH из Bacillus halodurans.
Выходной поток данных команды entret представляет собой упорядоченный текст, каждая строка которого помечена определенным кодом, указывающим на ее содержание. В нашем случае, анализу подвергались только определенные пункты. Результаты анализа просуммированы в таблице.

Обсуждения результатов.

Аннотация белка CRH из B. halodurans выявляет свою неполноту по-сравнению с описанием ортологичного белка из B.subtilis. В первую очередь это связано с тем, что последовательность CRH из B. halodurans была всего лишь предсказана исходя из последовательности ДНК. И, соответственно, любые предсказания о строении, функциях, модификациях этого белка могут быть сделаны только по-аналогии с более изученым CRH из B. subtilis.
Так, например, для белка CRH из B.halodurans не может быть ссылок на базу 3D структур PDB, поскольку не доказано даже его существование. Аналогично, можно только догадываться о расположении элементов вторичной структуры в его строении. И уже совершенно невозможно описывать его мутации.
Выравненные последовательности белков-ортологов:

               10        20        30        40        50        60        70        80     
CRH_BACSU MVQQKVEVRLKTGLQARPAALFVQEANRFTSDVFLEKDGKKVNAKSIMGLMSLAVSTGTEVTLIAQGEDEQEALEKLAAYVQEEV
          ::...:::.::::::::::::::::::::::..:.:::::::::::::::::::. .:. .::: .: :::::.: : :....: 
CRH_BACHD MVEKQVEVKLKTGLQARPAALFVQEANRFTSEIFIEKDGKKVNAKSIMGLMSLAIGSGSTITLITEGNDEQEAMEALIAFIEKE-
               10        20        30        40        50        60        70        80

Выравнивание проводилось с помощью команды needle. Результаты:

Length (длина):	85
Identity (идентичные участки):	61/85 (71.8%)
Similarity (похожие участки):	78/85 (91.8%)
Gaps (пропуски):	1/85 ( 1.2%)
Score (вес выравнивания):	325.0

Даже без специальной обработки данных видно, что последовательности этих двух белков очень похожи.