BLAST

Поиск гомологов белка hydroxymyristoyl-ACP dehydratase [Flavobacterium branchiophilum] (ID: G2Z3N7_FLABF) с помощью BLAST

Так как для стандартного значения в 100 находок у всех найденных белков E-value равен 0,0 (то есть, они практически идентичны друг другу), и все они принадлежат бактериям из семейства Flavobacteriaceae, я изменила максимальное количество выдачи на 10000 находок.

Таксономия

Все найденные организмы (850) принадлежат к клеточным организмам. В том числе, определился единственный представитель эукариот - томат обыкновенный (Solanum lycopersicum), думаю, что это ошибка.
849 представителя домена Bacteria, относятся к следующим большим систематическим группам: Bacteroidetes (560), Proteobacteria (171), Firmicutes (36), Chlamydiae (34), Cyanobacteria (12), Fusobacteriales (8), Fibrobacteres (7), Gemmatimonadetes(3), Planctomycetes (3), Chrysiogenetes (1), Deferribacteres( 1), Aquificae (1) и еще 12 неклассифицируемых бактерий.

Данные для трех выравниваний

Белок	E-value	Длина выравнивания	Bit score	Идентичные остатки	Сходные остатки
hydroxymyristoyl-ACP dehydratase [Flavobacterium sp. Fl] (WP_035645037.1)	0.0	462	860	406/461 (88%)	446/461 (96%)>
3-hydroxyacyl-ACP dehydratase [Azoarcus toluclasticus] (WP_018988072.1)	4e-34	145	135	72/143 (50%)	93/143 (65%)
hypothetical protein [alpha proteobacterium IMCC14465] (WP_014084951.1)	1e-13	155	78,2	48/136 (35%)	75/136 (55%)

Выравнивания:

Даже у десятитысячного белка очень маленькое значение E -value и большое – Bit score.
В выборке из 1000 белков 791 попадает под определение гомолога (Query cover > 70%). Видимо, этот белок очень консервативен у всех бактерий.

Сравнение среди белков бактерий из класса Flavobacterii

Для hydroxymyristoyl-ACP dehydratase [Flavobacterium sp. Fl](WP_035645037.1) выравнивание ничем не отличается от предыдущего. Этот белок очень похож на hydroxymyristoyl-ACP dehydratase [Flavobacterium branchiophilum] (WP_014084951.1), что логично, поскольку белки принадлежат бактериям одного рода. Совпадение Score, процента идентичности и позитивности вполне объяснимо: выравнивались одни и те же белки. Можно было бы ожидать уменьшения E-value, в связи с уменьшением банка, но так как значения очень малы, то в обоих случаях значение 0.0. Было проведено выравнивание hydroxymyristoyl-ACP dehydratase [Flavobacterium branchiophilum] и hypothetical protein [alpha proteobacterium IMCC14465]. Выравнивание разбито на два фрагмента: match 1 и match 2. Первый практически полностью совпадает с выравниванием, полученным в первый раз,только значение E-value стало равно 1e-21.
Второй фрагмент, состоящий из 14 остатков, по-видимому, показывает наиболее сходную область.

match 2

Score	Expect	Identities	Positives
16.2	0.78	5/14 (36%)	9/14 (64%)

Карта локального выравнивания:

Поиск по собственной базе:

Также был проведен поиск по базе данных, составленной из следующих последовательностей.

Поиск с помощью BLAST показал такие результаты:

Score	Expect	Identities	Positives
19.6	0.78	18/58 (31%)	26/58 (45%)

Score низкий, процент сходных остатков ниже, чем у самого худшего выравнивания из предыдущего задания, Е-value очень высокий, то есть, данные последовательности негомологичны, совпадения случайны.