| Jmol практикум 1 |
| Jmol практикум 2 |
| Jmol практикум 3 |
| Главная страница |
| Домен | Начало | Конец |
| LpxC | 1 | 232 |
| LpxC | 232 | 303 |
| FabA | 330 | 454 |
То есть, вначале белкок содержит два фрагмента, принадлежащие домену LpxC (ферменты этого семейства катализируют вторую стадию в пути биосинтеза липидов А), а потом расположен фрагмент из домена FabA (в домен входят белки, содержащие хот-дог структуру, смешанную структуру, в которой бета-листы оборачивают альфа-спирали).
Пример хот-дог структуры
Консенсусная последовательность для seed выравнивания первого семейства, полученная программой cons на сервере http://emboss.bioinformatics.nl/: MkxxQRTLKrxVKxTGVGLHTGKkttLTLePAkxNTGIVFxRTDLSxxxxxIPAxxeNxx VxDTxLSTxLxxdxxxRISTVEHLLAALxxlgIDNLxIEVDgpEIPIMDGSAxxFVxLIx QAGIQEQxxeAxkKfIRIkQxVxVQDxDkFIxaxPxDxxKISYTIDFNHxaIxKxxQxyS xvxxxSxESFxKEIAxARTFGFmrEIEYLRSKGLxkGGSLDNAIVLDDxDKVLNxdGLRF eDEpVRHKILDLIGDLyLLGxxIVgxFxAYKSGHSLNNQLVKkILaxxE
LOGO для блока (238-260)
По сильному мотиву L-R-[YF]-x(2)-E-[PFY]-[VALI]-x-H-K-[VLIM]-x-D-[LIAV]-x-G-D-L-x(3)-G найдено 239 последовательностей, которые принадлежат различным бактериям и все из них называются UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase. Также в выборку попала одна красная водоросль, что, скорее всего, является ошибкой.
По более слабому мотиву [VALI]-[RKH]-[YFW]-x(2)-[ED]-[PFWY]-[VALI]-x-H-[HKR]-[VLIM]-x-[DE]-[LIAV]-x-G-[DE]-[VALI]-x(3)-G, в котором соответствующие аминокислоты были дополнены до всех аминокислот алифатической, ароматической группы или до группы положительно/отрицательно заряженных аминокислот, найдена 241 последовательность белков с таким же названием.
Видимо, этот белок характерен для многих бактерий и блок, по которому строился мотив, довольно консервативен.
JavView project