| Jmol практикум 1 |
| Jmol практикум 2 |
| Jmol практикум 3 |
| Главная страница |
Идентификаторы в разных базах:
| База | Идентификатор |
| Uniprot | ID: G2Z3N7_FLABF AC: G2Z3N7 |
| RefSeq | YP_004844729.1 |
| EnsemblBacteria | CCB70492; CCB70492; FBFL15_2487. |
| Uniref50 | отсутствует |
| PDB | отсутствует |
Первая запись в базе появилась 16 ноября 2011 года. Последнее (двадцать восьмое) обновление произошло 11 марта 2015 года.
Произошли следующие изменения:
- ID был изменен с G2Z3N7_9FLAO на G2Z3N7_FLABF (22.02.2012)
- уточнена систематика: добавлен штамм бактерии;
исправлено название класса с Flavobacteria на Flavobacteriia, официально принятое в 2012 году
- добавлена информация про функции и каталитическую активность белка
- добавлены 32 ссылки на другие базы данных
Сравнение белка с близкими гомологами приводится в таблице:
| Entry | Organism | Protein names | Protein existence | Function | Length | PDB |
| G2Z3N7 | Flavobacterium branchiophilum (strain FL-15) | UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase (EC 3.5.1.-) (EC 4.2.1.59) (3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ) | Inferred from homology | FUNCTION: Involved in the biosynthesis
of lipid A, a phosphorylated glycolipid that anchors the lipopolysaccharide to the outer membrane of the cell.
{ECO:0000256|SAAS:SAAS00041387}.;
FUNCTION: Involved in unsaturated fatty acids biosynthesis. Catalyzes the dehydration of short chain beta-hydroxyacyl-ACPs and long chain saturated and unsaturated beta-hydroxyacyl-ACPs. {ECO:0000256|SAAS:SAAS00064865}. (участвует в биосинтезе липидов) |
463 | - |
| A6GY98 | Flavobacterium psychrophilum (strain JIP02/86 / ATCC 49511) | 462 | ||||
| A3XP70 | Leeuwenhoekiella blandensis (strain CECT 7118 / CCUG 51940 / MED217) (Flavobacterium sp. (strain MED217)) | 469 | ||||
| A5FFU1 | Leeuwenhoekiella blandensis (strain CECT 7118 / CCUG 51940 / MED217) (Flavobacterium sp. (strain MED217)) | 465 | ||||
| P47205 | Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) | UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase (EC 3.5.1.-) (Protein EnvA) (UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase) | Evidence at protein level | Involved in the biosynthesis of lipid A, a phosphorylated glycolipid that anchors the lipopolysaccharide to the outer membrane of the cell. | 303 | 2VES, 3P3E, 3U1Y, 3UHM, 4FW3, 4FW4, 4FW5, 4FW6, 4FW7, 4J3D, 4LCF, 4LCG, 4LCH, 4OKG |
В таблице представлена информация о дезацителазе и дегидротазе из трех видов рода Flavobacterium. Видно, что это очень похожие белки: названия и функции у них полностью совпадают, что ожидаемо, так как все они автоматически описаны по гомологии. Незначительно отличается длина (максимальное отличие – 7 аминокислотных остатков).
Также в таблице преведен гомолог с известной структурой: белок с таким же названием и такой же функцией, но из другого организма, Pseudomonas aeruginosa. Этот организм относится к группе Proteobacteria, когда как Flavobacterium относится к Bacteroidetes (расхождение примерно на уровне типа).
Также в записях Uniprot можно найти данные о различных особенностях белка.
В качестве примера взят белок UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase человека.
В записи были обнаружены метки:
| Метка | Значение |
| INIT_MET | Отщепление инициаторного метионина |
| MOD_RES | Пост-трансляционные модификации |
| VAR_SEQ | Альтернативные изоформы белка |
| VARIANT | Полиморфизм |