| Jmol практикум 1 |
| Jmol практикум 2 |
| Jmol практикум 3 |
| Главная страница |
Упражнения
UniProt
1. Определить код референсного протеома бактерии Brucella abortus
Ответ: UP000002719
2. Найти белки систем секреции в референсном протеоме B.abortus.
Ответ: 15
3. Найти белки систем секреции в референсном протеоме B.abortus, кроме тех, которые помечены как не охарактеризованные.
Ответ: 14
4. Найти белки, связывающие атом железа, в референсном протеоме B.abortus.
Ответ: 29
PubMed
5. Найти статью Блюменталя с названием "Транс-сплайсинг и опероны C.elegans"
Ответ: запрос: (Blumenthal[Author - First]) AND C.elegans[Title], число находок 3, статья
6. Получить список публикаций, в которых цитируется данная работа.
Ответ: Excel файл со списком статей
Белки, содержащие селеноцистеин (тема 1).
Целью данного практикума является изучение белков, содержащих селеноцистеин (селенопротеинов) с использованием трех баз данных: UniProt, PDB и PubMed.
В базе данных UniProt после поискового запроса для слова
После более конкретного запроса (annotation:(type:non_std selenocysteine) AND reviewed:yes), учитывавшего непосредственное вхождение селеноцистеина в белок было найдено 254 результата .
Такое несоответствие объясняется тем, что один белок Glycine reductase complex component B subunit gamma, не содержащий селеноцистеина получил кодовые слова по аналогии с гомологичным селеноцистеиносодержащим белком Glycine/sarcosine/betaine reductase complex component A.
Селеноцистеин в белках может встречаться как у вирусов (в базе данных у единственного представителя Molluscum contagiosum virus), так и у клеточных организмов. Среди клеточных они есть у архей, бактерий и эукариот.
В PDB найдено 42 записи для селенопротеинов.
Запрос строился на основании данных из Excel-таблицы, в запросе были указаны белки, имеющие запись в PDB.
Статьи на PubMed, посвещенные способу кодирования селеноцистеина были найдены по запросу (selenocysteine[Title/Abstract]) AND translation[Title/Abstract] в количестве 205 штук, из которых 118 в свободном доступе. Если же искать по такому запросу: (selenocysteine[Title]) AND translation[Title/Abstract], то находится 89 статей, из которых доступны 54. За последние 5 лет написано 13 статей.
Вычислительные и экспериментальные подходы выявили 25 селенопротеинов в человеческом протеоме. Примерно половина из них участвует в защите организма от окислительного стресса. То есть при недостатке селена будут развиваться болезни, связанные с нехваткой антиоксидантов: развитие различных сердечнососудистых заболеваний, снижение иммунитета, снижение умственных способностей, увеличение риска развития рака.
Было показано, что кодирование селеноцистеина осуществляется с помощью специального перекодирования в кодоне UGA (обычно - стоп-кодон). Возникает вопрос, как клетки могут отличить стоп-кодон от кодона, нуждающегося в перекодировании. У бактерий фактор перекодирования(Secis) находится после UGA. Умлекопитающих цис-действующие элементы специфичности находятся в нетранслируемой 3'-области. Только один из 25 селенопротеинов человека мРНК использует UGA как стоп-кодон, несмотря на то, что элемент Secis лежит ниже обоих кодонов UGA. Этот факт поддерживает идею, что селеноцистеиновые кодоны могут существовать в любом месте.
Статья The Molecular Biology of Selenocysteine