Предсказание топологии мембранного белка ADP/ATP translocase 2 из организма Pongo pygmaeus (Orangutan)

• Сначала нужно было выровнять последовательности белков ADT2_PONPY и ADT1_BOVIN (прототип). С помощью программы entret пакета EMBOSS были получены файлы с записями SwissProt: entret sw:Q5R5A1 -auto entret sw:P02722 -auto Затем из этих файлов были получены полные последовательности (с помощью программы seqret): seqret sw:Q5R5A1 -sask seqret sw:P02722 -sask Выравнивание было построено с помощью программы needle. Вес выравнивания равен 1410.0, а идентичность — 88.9%. Далее полученные последовательности импортировались в GeneDoc, получили выравнивание, аналогичное полученному needle.

• Результаты работы:
  • Файл Msf с выравниванием изучаемых белков
  • Файл Excel с профилем гидрофобности и таблицей топологии белка ADT2_PONPY. Данные для построения профиля гидрофобности получили с помощью программы pepwindow пакета EMBOSS (-graph data -length 19).
  • Файл TMHMM с результатами предсказания топологии
    

• Сравнение предсказанных топологий с описанием трансмембранных сегментов в 3D-структуре прототипа:

  		По профилю гидрофобности	TMHMM
  Всего предсказано (N).		90	46
  Из них	А. По данным ОРМ находятся внутри мембраны.	90	43
  	В. Из них - “торчащие” из мембраны остатки на концах спиралей.	0	0
  	С. Вообще не имеют никакого отношения к трансмембранным спиралям.	0	3
  D.Число непредсказанных остатков, которые по данным ОРМ находятся в мембране.		55	99
  Точность предсказания, A/N.		1	0.935
  Сверхпредсказание, C/N.		0	0.065
  Недопредсказание, D/(L-N), где L — длина последовательности.		0.266	0.395

  
  
     Точность предсказания трансмембранных участков в обоих случаях достаточно высока и приближается к 100%. Вместе с тем, значение недопредсказания также весьма велико для обоих методов, оно колеблется от 26,6% до 39,5%.
     Объяснение полученных результатов.
  При работе с профилем гидрофобности сегмент от 73 до 91 найден, но из-за низкой средней величины гидрофобности он не был отнесен к трансмембранным сегментам. Хотя если наличие трансмембранных сегментов считать по количеству положительных пиков, то этот участок должен быть посчитан, соответственно, недопредсказанных аминокислот должно быть меньше.
  TMHMM нашел всего 2 сегмента последовательности длиной в 23 а.о., видимо, остальные, более короткие участки, он найти не может. Странно, что найдены именно эти участки, потому что по предсказанию OPM участков, длиной более 23 целых 4!