Работа с программой BLAST
Гомологи белка Lon protease
Я изменила два параметра: выбрала для "Database" опцию "UniProtKB/Swiss-Prot(swissprot)", максимальное число выдаваемых находок в "Algorithm parameters" поменяла на 500 (поскольку при настройках по умолчанию находок ровно 100, аналогично при выборе 250).
Остальные параметры оставила по умолчанию (рис. 1, 2).
Общее количество находок при данных параметрах составило 271 последовательность.
Текстовая выдача программы BLAST для A0A0B5HZC1 (Lon protease)Для выравнивания были выбраны первые 7 последовательностей: ссылка на файл с множественным выравниванием.
Гомологи зрелого вирусного белка, вырезанного из полипротеина
По запросу "(taxonomy_id:11118) AND (protein_name:polyprotein)" среди аннотированных белков я нашла полипротеин, для которого
- ID R1A_BCHK3
- AC P0C6F8; Q3LZX2;
- OS Bat coronavirus HKU3 (BtCoV) (SARS-like coronavirus HKU3)
Из белков, на которые разрезается полипротеин я выбрала Papain-like protease nsp3, координаты которого 819..2734.
Ссылка на fasta-файлТекстовая выдача программы BLAST для зрелого вирусного белка (без применения фильтра по организмам)
Выравнивание
Исследование зависимости E-value от объёма банка
Текстовая выдача программы BLAST для зрелого вирусного белка (был применен фильтр по организмам)<
При применении фильтра по организмам количество находок уменьшилось до 63 (было 73).
Для белка с P0C6W8.1 E-value стал равен 6e-149, до применения фильтра был равен 1e-147. Найдем долю белков вирусов в Swiss-Prot: 6e-149 / 1e-147 = 0,06.