База данных UniProt
Поиск ортологов белка pheA
Идентификатор белка pheA в базе данных UniProt A1A2B5 (был найден с помщью функции ID Mapping - рис.1).
С помощью поиска внутри базы данных был найден 101 белок представителей рода Bifidobacterium. Было выбрано два с идентификаторами Q8G4J9 и C6AJB7. Информация о белках, полученная из записи о них в базе данных UniProt, а также с помощью других баз данных, представлена в таблице: inf_uniprot.xls . Инофрмация в таблице будет дополнена.
В результате поиска всех возможных ортологов белка pheA в базах данных Swissprot и TrEMBL было найдено 18 582 результатом в базе данных TrEMBL, 53 результата в базе данных Swissprot для запроса «pheA» и, соответственно, 8 250 и 206 результатом для запроса «chorismate mutase».
Предсказание оперонов, включающих белки pheA и atpA.
Понятие "оперон" уже обсуждалось ранее в материалах предыдущего семестра. По этой же ссылке можно найти информацию о предполагаемых оперонах белков pheA и atpA.
Непосредственно ознакомиться с результатами поиска можно по следующей ссылке: pheA.
Иинформация об оперонах и генах в их составе приведена в таблице 1.
| ID оперона | Ген | Начало | Конец | Цепь | Длина | Продукт |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 246825 | atpC | 1801915 | 1802193 | - | 92 | FOF1 ATP synthase subunit epsilon |
| 246825 | atpD | 1802193 | 1803677 | - | 494 | FOF1 ATP synthase subunit beta |
| 246825 | atpG | 1803686 | 1803686 | - | 306 | FOF1 ATP synthase subunit gamma |
| 246825 | atpA | 1804610 | 1806238 | - | 542 | FOF1 ATP synthase subunit A |
| 246825 | atpH | 1806310 | 1807137 | - | 273 | FOF1 ATP synthase subunit delta |
| 246825 | - | 1807167 | 1807688 | - | 173 | FOF1 ATP synthase subunit B |
| 246825 | atpE | 1807748 | 1807975 | - | 75 | ATP synthase subunit C |
Оперон, предсказанный с помощью DOOR2 для белка atpA, не совпадает с опероном, предсказанном в первом семестре. В последний входит на три гена больше. Примечательно, что субъединица A АТФ-синтазы типа FOF1 в опероне, предсказанном с помощью DOOR2, отсутствует.